多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，使用时应适当提高培养料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生长。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。
用多菌灵拌料，应严格控制药液浓度，—般使用含量为50％的粉剂，以占料干重的0.1％即可杀死和抑制杂菌生长。加大用量则会影响菌丝生长。拌料时，要先把药剂溶入足量水中搅拌均匀，喷洒料后还要拌匀。
多菌灵在碱性环境中容易分解而失效，因此拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰混合放置。此外，多菌灵应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。
