一、市场销售的多菌灵多为50%的可湿性粉剂和40%的胶悬剂。不论哪一种剂型都应选用优质产品，还要注意产品的有效期，生产日期为一年以内的最好，超过这个期限的应酌情增加用量，完全失效的杜绝使用。
二、多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用多菌灵时应适当提高培养料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生长。
由于多菌灵耐高温，使用时最好将培养料进行发酵、高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。
三、用多菌灵拌料，应严格控制药液的浓度，一般用含量为50%的粉剂，以占料干重的0.1%即可杀死和抑制杂菌生长；若加大用量，不但成本增加，还会影响菌丝生长，导致子实体污染。拌料时，要先把药剂溶入足量水中搅拌均匀，拌入料后还要拌匀，以免发生点片污染。
四、多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰混合液久置。
另外，多菌灵易使杂菌产生抗药性，所以应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。
