由于棚室内温度高、湿度大、光照弱、通风差，病虫害易发生。而化学防治效果显着、收效快、使用方便，在保障棚室蔬菜生产上，起到不可替代的作用。要在生产中充分发挥化学防治的优点，克服其带来的污染、残留问题，做到安全、合理使用农药需从以下六个方面着手：
对症用药各种农药都有一定的防治对象。防治时要根据一定的防治对象选择合适的农药种类。如防治咀嚼式口器的害虫用敌百虫，防治黄瓜黑斑病最好用扑海因，防治白粉病最好用粉锈宁或消斑灵，防治霜霉病用甲霜灵和杀毒矾，避蚜雾对瓜蚜、棉蚜之外的蚜虫具有特效。
农药交叉使用为了提高农药防治效果，又不因使用农药而污染蔬菜产品和使病虫产生抗药性，轮换使用作用机制不同的农药是提高药效的有效途径。生产中常用的交叉使用农药的模式有四种：一是生物源农药、矿物源农药、有机合成农药之间的交叉使用。如在白菜生产上防治菜青虫，可交叉使用Bt乳剂、鱼藤精、灭幼脲、百树菊酯、敌百虫；二是保护剂和内吸剂的交叉使用。如防治黄瓜霜霉病、辣椒灰霉病，在未发病之前以保护剂波尔多液、福美双、百菌清等为主，开始发病后以内吸型的普力克、甲霜灵、双效灵为主，交叉使用；三是喷雾剂与熏烟剂的交叉使用。在保护地蔬菜生产中，利用温室、塑料棚密闭性好的特点，除常用药剂喷雾方式外，可交叉使用熏烟的药剂施用方式；四是其它方式的药剂交叉使用。药剂的茎叶处理与土壤处理交叉使用；不具杀卵活性的杀虫剂与杀卵剂交叉使用。
合理混合使用农药将几种农药混合使用，除可节约人力、时间外，还能达到兼治、增效和延缓抗药性的目的。如白僵菌、苏云金杆菌等生物杀虫剂与化学杀虫剂混用，比单独使用杀虫速度快、效果好；井岗霉素与其它化学杀虫剂、杀菌剂混合使用，不但能提高防治效果，还可降低害虫抗药性和生产成本。但并不是所有的农药都可任意混用。农药混合的基本原则是，混合后不破坏原有的理化性状，防治效果互不干扰或有所提高。混合使用农药时要注意，有效成份是菌类的生物农药与化学杀菌剂不能混用；有机磷类、菊酯类杀虫剂，以及二硫代氨基甲酸酯类杀菌剂不能与碱性农药混用；同类性质的农药不可混用。
严禁使用剧毒、高毒、高残农药棚室蔬菜病虫防治要根据《农药安全使用标准》，从生产绿色蔬菜产品允许使用的农药中选择合适农药种类，控制农药的使用量和次数，严格按照农药的安全间隔期（最后一次施药离作物收获的时间）进行施药，控制农药在蔬菜产品上的最终残留水平。
