人们在继续发展转基因作物同时，还积极开发抗其他除草剂的转基因作物。同时，开发其他非选择性除草剂用于替代草甘膦等。
已知的有抗草铵膦、草硫膦、溴苯腈等非选择性除草剂的转基因作物。其中草铵膦为至今未发生抗性的品种。
巴斯夫和陶农科公司开始进行ALS抑制剂（磺酰脲类、咪唑啉酮类、嘧啶磺胺类、嘧啶水杨酸类、三唑嘧啶类、磺酰胺羧酰、三唑酮类）的抗性作物的田间试验。其作为草甘膦的补充，或在杂草不构成严重威胁的地方使用。巴斯夫公司和巴西作物科学院宣布共同研究ALS抑制的抗性大豆和甘蔗，将在201 1年上市。
抗对羟苯基丙酮酸盐双氧化酶(I-IPPD)抑制剂除草剂（主要抑制八氢番茄红素去饱和酶和类胡萝卜素酶）。1999年已开始田间试验。2007年1 1月拜耳公司与Mertec，M．S.Tech公司共同开发。此类除草剂主要品种有磺草酮、甲基磺草酮、异噁唑酮等。
抗乙酰辅酶A羧化酶(ACC酶)和激素类除草剂。正在研究开发之中。品种有烯禾啶、吡氟禾草灵等。
抗原卟啉原氧化酶(PPO)抑制剂：此类除草剂沿用了40年，抗性杂草发展较慢，此类除草剂可进行土壤处理，是草甘膦的补充。现已研究出了抗PPO抑制剂的玉米、水稻。主要品种有乙氧氟草醚、氟磺胺草醚、丙炔氟草胺、氟烯草酸等。
P450酶抑制剂具有开发抗此类作用除草剂作物的潜力。已发现对敌草隆产生抗性的作物。还发现转450酶基因的大豆对众多除草剂表现抗性。
尤其值得关注的抗两个除草剂的转基因作物：2，4一滴、麦草畏，已开发了抗2，4．滴的作物，估计不久可上市。另抗麦草畏（土壤中易降解）的转基因大豆可耐2.8千克／公顷剂量的麦草畏。估计抗麦草畏的大豆、玉米可在2012年上市。以上品种将对草甘膦形成相对威胁，也是发展趋势。
专家认为，农民将不会单一用草甘膦，必须使用多元化杂草防除。因此，一些公司在开发抗草甘膦作物的同时，也开发其他作用模式的抗除草剂作物，并使用多元化方法控制杂草。此也是今后发展方向。
