木瓜主要采用种子繁殖，在选好种的基础上，可即采即播，亦可处理种子后适期播.在海南，每年2月下旬至11月均可播种.苗期要做好防寒保温，育苗地应选择背北向南，阳光充足，远离旧木瓜园，葫芦科瓜园的地段，并清除苗地周围已染花叶病的植株，以防传染. 播前种子用0.1%的甲基托布津消毒半小时，清洗干净后，用清水浸36～48小时，凉干水，即可播种，或放于32℃条件下催芽后进行点播。
一般用营养袋育苗，营养袋用塑料薄膜制成，袋高15～16厘米，直径10～12厘米.在袋底部穿两个直径1厘米的孔，以便排水.营养土用细碎的塘、田泥及腐熟垃圾、猪粪肥混合而成（泥：肥＝8：2）最好混入少量复合肥，以利苗木健壮生长.入营养土后适当压实。每杯浅播2～3粒种子后盖土杂肥，并用干稻草覆盖，浇足清水，全期保持土壤湿润。出苗后揭去禾草，分批间苗，苗高10厘米时定苗，苗期注意水肥管理，防止过湿引起苗木徒长或感染折腰病.
苗期为防治折腰病、白粉病、炭疽病决议及红蜘蛛、蚜虫及鼠害，可喷1：1000的甲基托布津及1：600的敌百虫或1：1000的三氯杀螨醇对防治红蜘蛛效果良好。一发现花叶病即要拔除。 苗高20厘米左右即可出圃，优良的苗木应是矮壮、叶片齐全、浓绿，根系发达健壮，无病虫害。
