大棚青椒烂果的原因主要有疫病、软腐病、炭疽病、绵腐病、灰霉病及菌核病。针对这些病因可采用以下措施：
（一）疫病防治。青椒定植成活后，用64％的杀毒矾400倍液、72％的甲霜灵锰锌500倍液、72％的杜邦克露700倍液交替进行喷施，每7天喷一次，连喷2～3次。
（二）灰霉病及菌核病防治。门椒到对椒时期喷施20％的绿帝400倍液或速克灵1200倍液防治灰霉病；喷施40％的哇灵400倍液或使百功1500倍液防治菌核病。
（三）软腐病防治。在初花期及收获后期都应加强病情监测，可用77％的可杀得700倍液与72％的农用链霉素3000倍液交替喷施，以植株不滴药液为宜。
（四）炭疽病防治。进入结果期，用75％的百菌清400倍液或70％的甲基托布津800倍液进行喷施，该病盛发期用新万生300倍液进行喷施，以值株不滴药为宜。
（五）绵腐病防治。晴天可用64％的杀毒矾400倍液进行喷施，阴雨天或棚内湿度大时（大于85％）用20％的百霉速克烟雾剂熏蒸，每亩用250～300克，傍晚封闭棚室，点燃药剂，翌日日出后下风口放风排气，方可进棚作业。
