近来对农药的议论很多，有的将农药的使用看得太简单，有的则全面否定农药的使用，都不能正确地对待农药。以往认为农药就是毒物，其实农药本身就是毒物，也正因为是毒物才有防效，并根据使用方法来决定其是毒物还是药物。至今仅凭经验理解的杀菌剂作用机制，也已根据大量研究逐渐明白。但若能解释得更清楚，则对开发新的杀菌剂以及正确使用现有的杀菌剂均是极其重要的。
杀菌剂经下述过程后才开始显示效果，药剂附着和覆盖在植株上、残留在植株上和往植物体内渗透等，直至杀菌剂施用后与病原菌接触的过程。药剂往病原菌体内的渗透、在菌体内的活化和钝化等，直至到达病原菌体内作用点的过程。药剂对病原茵体内作用点的反应。阻碍病原菌代谢和毒性的出现等一系列长的物理化学和生物学反应。因此杀菌剂的作用是极复杂的，但在此仅概要地叙述以杀菌作用为中心的杀菌剂生理活性和作用机制。
杀菌剂的生理活性与该药剂的化学结构有密切的关系，现在将显示同样生理作用的一组杀菌剂，除去化学结构上非共同的部分，同时逐步将化学结构简化后，最后仅保留药剂的核心部分，它就是该药剂的活性中心，即作用基团。杀菌剂的生理作用按作用基团对病原菌体内作用点的反应类型分为下述三种。
化学毒性，像同族化合物那样，化学结构很相似的药剂，也显示同样的生理作用，由于这种生理作用是药剂分子中的化学官能团引起的，所以将这样的化学官能团称之化学作用基团。化学作用基团的化学反应性强，与病原苗体内原生质蛋白或酶蛋白上的各种生理活性基闭尤其是巯基，形成了不可逆结合。例如，目前广泛使用的钢制剂、代森锌、克菌丹、敌菌丹等杀菌剂，一般称为琉基阻碍剂。这些药剂均是非选择性的，对各种病原菌都显示出强杀菌力，而且即使连续使用也不产生抗性菌。但是这些药剂对人或作物的毒性也比较强，易引起药害。
物理毒性，乙烯、乙醚、氯仿等麻醉剂，尽管其化学结构完全不相同，但却显示同样的生理作用。由于这种生理作用是药剂分子小的烷基或氯代烷基的物理性质引起的，所以将具有这种物理性质的基团称为物理作用基因。烃或氯代烃易溶于脂肪，其溶解在包围菌体细胞或细胞内部分的类蛋白膜的脂质中，引起膜的膨胀和动态功能异常。可是，由于化学反应性弱，不能形成强的结合，所以该作用是可逆的、暂时的。如使用联苯或五氯硝基苯时可强烈抑制病原菌苗丝的伸长，但将该菌丝改在不含药剂的培养基上培育，菌丝又重新开始正常生长。因此，这些药剂的作用类似落入眼睛中的灰尘，称为抑菌作用。一般这种药剂是脂溶性的，例如滴滴冰涕，人们担心在人体脂肪组织中会有蓄积。
结构毒性，药剂中有像丙体六六六那样的药剂，即取代基的立体构型仅略有不同，而生理作用则完全不同。出于这种生理作用是由整个药剂分子的形状或电子配置引起的，所以将这种结构上具有极高专一性的毒性称为结构毒性。
病原菌体内含有基质或辅酶等各种代谢物质，但在与这些代谢物质结构相似的物质中，和代谢物质争夺生理活性点，而后逐出代谢物质，将这种物质称为代谢拮抗物质。生物体内含有糖、有机酸、氨基酸、核酸代谢等各种代谢副产物，在它们当中起代谢拮抗物质作用的不少，例如由微生物产生的抗生素或毒素等。代谢拮抗物质的选择性极强，对某种病原菌即使极其微量，也有作用，但是对义他病原菌则完全无效。另外，在连续使用药剂后，易出现抗性菌，但出于这种代谢拮抗物质的专一性强，作用点是限定的，所以受少数主导抗性遗传因子支配的真正抗性品种比受多数从属抗性遗传因子支配的团间抗性品种更易发病。
