1、不分用途地混合贮藏。一些农户仍按过去的习惯，一家只有一个窖，食用薯、商品薯、种薯、加工薯等几种用途的块茎，或几个不同品种的马铃薯，都贮藏在这一个窖内。这不仅造成品种的混杂和病害的传播，影响种性，同时对食用薯品质和加工薯价值的保持不利，因而直接影响农户的经济效益。在贮藏过程中，只有满足不同用途块茎对贮藏条件的不同要求，才能达到贮藏的预期目的。
2、不能保证块茎入窖质量。入窖质量即要求入窖个体完整，薯皮干燥、无腐烂及其他杂质等。可是秋收入窖时，农户图省事，不愿多用工，不经晾晒和挑选，使泥土与块茎混合，并将潮湿淋雨的薯块和冻、病、伤、烂的薯块一起入窖。入窖时将马铃薯从窖口向窖内倾倒，把薯摔伤，或人在薯堆中踩踏，造成薯块受伤等，严重影响了入窖质量。泥土多会造成湿度大，通气不畅，同时还带入各种病菌，特别是镰刀菌干腐病病菌。病、烂薯块入窖，直接把大量病菌接种在薯堆内，成为窖内发病的菌源；伤薯易于使真菌和细菌侵入，会导致病害的扩大蔓延；湿度大不仅能满足病菌繁殖传染条件，促进病害发展，同时也易于造成块茎早期发芽，影响质量。
3、贮藏管理不当。许多农户有“自然管理”的习惯，即天冷封窖后，在贮藏期间不检查，不调整温度和湿度，不通风换气，以至于春季开窖时出现冻窖、烂窖、伤热、发芽和黑心等现象，造成重大经济损失。还有的只注意保温怕冻，一冬都不通气，薯块呼吸产生的大量二氧化碳气体得不到排除，使薯块的正常呼吸受到阻碍，芽子被窒息，以至影响出苗，甚至春季开窖后，也不通风换气，人就进入窖内，造成入窖人窒息的事故。
现代化和半现代化（土洋结合时）薯窖贮藏者，由于对马铃薯贮藏条件的要求了解不足，所以，入窖库存量太大，垛太高，垛得太紧通气空隙少而小，特别是对温、湿度掌握得不好，为贮藏病害发病创造了条件；春季窖温过高，使种薯出芽过早等，因而降低了贮藏质量。
4、贮藏窖建造不科学。有的选址不当，在地下水位高处建窖，造成窖内湿度大，甚至出水；或薯窖背阴，正对风口，容易出现冻窖。有的窖建造得太浅，顶部覆土薄，薯块上部接近冻层，也易造成冻窖。还有的没有通风孔道，或通风孔道设置得不合理，因而无法调节窖内温、湿度，更无法通进新鲜空气，以至使所贮薯块损害。
总而言之，贮藏时注意它的质量，不同薯的管理方法要定时检查，对窖内温度、湿度、通风度要做到位，注意这几个步骤，那么，马铃薯就可以安稳地“睡觉”了。
