一、增加土壤肥力 这是微生物肥料的主要功效之一。一方面微生物肥料本身提供肥力，另一方面多种解磷、解钾微生物的应用，可将土壤中难溶的磷钾分解出来，从而为作物吸收。许多微生物能产生大量的多糖物质，它与其他物质结合可改善土壤土粒结构，增强土壤的物理性能，保护作物根系免受病原微生物的入侵和减少土壤颗粒的损失。
二、制造作物所需要的养分或协助作物吸收营养。例如根瘤菌肥。
三、产生植物激素类物质刺激作物生长。 能够刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
四、对有害微生物的生物防治作用。 微生物肥在作物根部大量生长繁殖，作为作物根际的优势菌，限制其他病原菌生物的繁殖机会，起到减轻作物病虫害的功效。
主要的微生物肥料：根瘤菌肥（世界上公认的的效果最稳定点微生物肥料）、固氮菌肥料、解磷微生物肥料、解钾菌肥料等。更多实用农业技术资讯，请访问山村网。
