一、适时播种
在广东，苦瓜露地杂交制种应按品种特性安排播期。一般早熟、耐寒性强的品种宜选择春植，播期为1～2月，采用保护地育苗，3月中旬移栽大田；中迟熟、耐热性强的品种安排在夏秋季7～8月上旬播种，采用直播方式为主。为保证父本能提供足够的花粉，父本应提早7～10天播种。
二、整地与定植
应选择前作为水稻、土层深厚、排灌良好的砂壤土或粘壤土田块种植。忌与瓜类作物连作，整地实行高畦深沟，畦宽1.7～2米(包沟)，畦高0.5米。每亩施石灰50公斤、腐熟有机肥1000～1500公斤、过磷酸钙50公斤作基肥。为了提高种子产量，制种田应合理密植，一般采用双行植，株距春植30厘米、秋植20厘米，每亩栽2000～2500株。
三、制种田管理
制种田管理与菜用栽培基本相同。苦瓜耐肥不耐瘠，追肥应以有机肥为主，适当配合化肥，多施磷钾肥。春苦瓜苗期要适当控制肥水，夏秋苦瓜则从1～2片真叶展开后就要不断追肥。强雌系更要加强肥水管理。当植株抽蔓时插竹，及时引蔓上架，使蔓叶均匀分布。摘除基部1～1.5米的侧蔓，保证坐果，如留蔓过多，植株枝叶繁茂，抑制生殖生长，不利于坐果，产种量低。引蔓和摘除侧蔓宜在晴天下午进行，并及时拔除杂株。
为害苦瓜制种的主要病虫害有白粉病、炭疽病和瓜绢螟，可分别用粉锈宁1500倍液、多菌灵可湿性粉剂600倍液和乐斯本1000倍液喷施防治。
四、杂交制种
苦瓜属虫媒异花授粉作物，与其它瓜类不易杂交，但不同品种间极易杂交；花单生，雌雄同株，花小、黄色，花柄细长，开花时间从深夜2时至早晨7时左右。留种时第一雌花节位较低，若植株尚小，通常摘除第一雌花，而从第二雌花开始留作种瓜。每条种瓜产种量较少，一般只有15～30粒。目前苦瓜杂交制种主要有人工杂交制种和利用强雌系制种两种方法。
1、人工杂交制种：父母本行按1∶5～6比例种植，父母本可分行定植，也可分田定植。采用花序套袋隔离方法，在开花前1天下午将父本雄花及母本雌花用牛皮纸做的小袋套住进行隔离；开花当天上午6～10时，将前1天隔离的雄花摘下，去除花瓣后可授1～2朵雌花。授粉后雌花仍用纸袋套住进行隔离，并在花柄上扎线标记，4～5天后及时拆除纸袋。每株杂交5～6朵花，选留4～5只种瓜。将其余未授粉的雌花以及虽经授粉但发育不良的幼瓜尽早摘除。人工杂交制种种子纯度虽高，但费工费时、效率低、成本高。
2、利用强雌系制种：苦瓜品种经选育获得能够稳定遗传的强雌系作母本，辅助人工除雄及人工授粉，是目前苦瓜制种较经济可行的方法。制种田内父、母本行按1∶3～4比例种植，可适当增加母本行的密度，母本行株距15～20厘米。当母本第一雌花将要开放时，应检查田间母本的纯度，把主蔓雄花过多的植株拔除，留下强雌株，再将其基部侧蔓全部摘除，人工摘除强雌株上出现的少量尚未开放的雄花蕾。任由蜜蜂等昆虫自由授粉，同时加强人工辅助授粉，通常一个劳力每天可授粉2～3亩。一般主蔓控制在第2～3节位结瓜，避免连续结瓜。每株选留4～5只瓜，尽早摘除发育不良的幼瓜。从强雌株上收获的种子即为杂种一代。
在利用强雌系苦瓜配制一代杂种以及繁殖强雌系时，必须严格隔离。若利用空间隔离，在制种田周围至少1000米范围内不能种植其它同期开花的苦瓜品种。从父本行中收获的前期种子可用作第二年生产一代杂种的父本。
五、适时采收
苦瓜果实生长迅速，从开花到种子成熟一般只需18～20天。此时种瓜下端开始呈现橙红色，种子被鲜红的果瓤所包围，极易开裂，散出种子，所以在种瓜尚未开裂时必须及时采收。采收种子可依据种瓜成熟度分次进行。
种子采收后，量少时可直接放在固定好的纱网上揉搓后用清水洗净；量大时放置在木制或瓦质盆缸中发酵6～12小时，用手揉搓，使种子和瓜瓤分离，然后用清水洗干净。洗净后的种子，应立即放在草席上晾晒，但不宜在烈日下曝晒。种子干燥后用桶装贮藏。千粒重约167克，亩收种子15～20公斤。
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