底肥的施用量一般要占棉花需肥量的60%左右，施用肥料要以有机肥和高含量的多元复合肥为主。苗期应以施用氮肥为主。这是因为：棉花苗期植株中的含氮量占3.3%，高于其他生育阶段，同时苗期地下主根发育速度高于地上幼茎4～5倍，“发苗先发根，根壮苗发横”，棉苗三片真叶时花芽开始分化，早施氮肥可促进花芽的发育和转化。
蕾期至初花期是主茎生长速度最快的时期，植株很易旺长。因此，这段时间施肥也应以有机肥和多元复合肥为主，以促其稳长。花铃期和结铃期一般以施多元复合肥和尿素为主，特别是进入盛铃期，要普施桃肥，预防早衰。
种棉花钾肥不能少，一般棉田每亩须施用钾肥30公斤左右。现在农户多选用无机复合肥料，这类肥料中氮、磷、钾的配方一般是等量式的，如45%的复合肥中，氮、磷、钾各含15%；51%的复合肥中，氮、磷、钾各含17%。而棉花的需磷量相对少些，选用高磷含量的复合肥无疑是极大的浪费。已经选用高含量多元复合肥的可酌情减少单一钾肥的用量。如每50公斤45%的氮磷钾复合肥中，所含的氧化钾相当于12.5公斤氯化钾；每50公斤51%的氮磷钾复合肥中，所含的氧化钾相当于14.15公斤氯化钾。不能因为施用了复合肥就完全取代了单质钾肥。
增施有机肥的棉花高产稳长不早衰。因为有机肥料的养分含量是比较丰富的，但需要注意的是，其肥效比化肥相对迟缓。在购买和施用时，要注意以下几点：
一是购买的生物有机肥料一般不要与化学农药一同存放，防止伤害功能微生物，同时避免阳光直射；
二是生物有机肥料应与化肥配合施用，使速效与迟效养分分批释放供棉花需要，同时要明白有机肥料不能取代钾肥，缺钾的棉田务必配施钾肥；
三是要在墒情适量时施用，若遇持续干旱施后要及时灌水；
四是要开沟或打垱深施，或先撒施再翻耕深埋。据农业科研部门试验，无论是有机肥或是无机肥或是有机无机复合肥，深施20厘米左右比浅施、撒施的要增产3～5个百分点。
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