感染性病害问题及科学处理
首先要做好前期预防工作，
一是药物闷棚。百病傻和赛百09各喷一遍，喷药后卷起草苫等覆盖物，令其高温晒棚，使药物成分在最短时间内达到最高作用与效果。
二是石灰粉覆盖地面。待灌水渗入地下、地面可进入时，按照每平方米面积25克左右的用量撒施石灰粉，随即密封菇棚。
三是喷药预防。发菌期间，根据病害杂菌基数和温度状况，每3～7天喷施一次300～400倍赛百09倍液。
四是潮间用药。每潮采收结束后，应在清理料面、棚内卫生的基础上，喷洒400倍百病傻和300倍赛百09溶液各一遍；发生病害的，喷洒300倍百病傻和200倍赛百09溶液各一遍，然后进入菌丝休养阶段。
发生病害后，应及时用药。一是集中用药。出菇结束后，可于出菇结束后即时喷洒，也可在菇棚启用前一次性处理。二是菇棚消杀。可参考前述药物闷棚的用药方法进行，或者提高药物浓度。三是出菇期间。根据病害杂菌基数和温度状况，每3～7天喷施一次百病傻400倍液。
处理原则：无论清理出的感病覆土还是感病基料，绝对不可随丢乱弃、不管不问，以防形成新的病源。
生理性病害问题及科学处理
根据栽培菌株的生物学特性，严格调整各项管理指标，包括温度、通风、基料含水以及光照等，尽量予以贴近要求。发菌期间，菌丝是活体，出菇期间，菌丝和菇体都是活体，它们的生长需要相应的条件，一旦发生问题，均为不可逆问题，除了采掉后等待下一潮出菇，别无他法。
菜花菇、珊瑚菇、喇叭菇：多为通风不良、二氧化碳浓度过高所致，采掉病菇后，加强通风即可。瘤盖菇：环境温度低至菌株出菇温度范围的下限，采掉病菇后，提高棚温即可。
“鸡腿菇”：多为通风不良、湿度过高，采掉病菇后，加强通风即可。蓝边菇：一氧化碳浓度中毒现象，采掉病菇后，加强通风即可。
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