发菌期间，平菇菌丛的生长和其它微生物的繁殖产生热量，使料温和环境温度形成温差，这个温差使膜内菌块表面的水蒸气逐渐凝结成水珠，培养袋两端通气不畅，水分来不及蒸发，聚集在菌袋的下凹处，形成隔氧层，时间一长，受害的菌丝处会因缺氧和淹渍而自溶死亡。生产中应注意经常倒袋，通风及培养袋扎孔增氧。
2、培养料变酸发臭
如果培养料不够新鲜干净，带有大量杂菌，在消毒灭菌不彻底的情况下，料内的各类真菌和细菌大量繁殖孳生，使培养料酸败，产生酸臭味。因此，应注意配制培养料前对培养原料进行杀菌消毒，通常将主料置日照下，曝晒几天。
3、部分料袋只有一端菌丝发育较好
灭菌锅水装太多，部分袋进水，使袋内过湿，影响菌丝生长。或袋口扎得太紧，造成氧气不足，使菌丝生长受阻。通风倒袋是解决的主要方法，具塞式扎口法也是行之有效的措施。
4、菌丝满袋后迟迟不出菇
菌种的温度类型选择不当。若采用中、低温型平菇品种，如果在春末夏初播种，菌丝长满袋后，正好是夏季高温季节，就难以出菇。此外，还可能培养料的碳氮比不适宜。第三，在母种扩大培养接种时，气生菌丝挑得过多，使原种、栽培种产生结块，严重影响子实体形成。第四，菌丝长满袋后，在温度较高、空气相对湿度较低的情况下，过早地打开袋口，使表面形成一层干燥的厚菌膜，菌蕾不能分化。
5、播种后菌丝不吃料、不发菌。
培养料保存过久，已发霉变质；菌种转代次数过多，培养条件不良，生命力降低；播种时，消毒药量过多，熏蒸时间过长，杀伤了菌种；培养料含水量过多太湿，装袋时太紧太实，满足不了菌丝呼吸对氧的要求；培养温度过低或过高；培养料碱性太大；接种量太少。
6、菌丝未满袋出菇
菌丝培养阶段环境条件不适宜，培养基内营养成分差，光线过强，温差较大，酸碱度不适宜等都会造成提早出菇。
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