当小苗长出两片真叶之后，如果地里幼苗太多、太挤，就要及时间苗，保持苗距3至5厘米。间苗的原则：间密留稀、间弱留壮、间病苗留健苗。结合间苗，除去田间杂草，防治杂草与幼苗争夺养分。如果是条播的，还可以在苗子出齐后浅耕松土。因为这个时期菠菜苗小根浅，应以浅耕为主，在越冬前，根据田间状况，松土锄草两至三次。
松土锄草的工作看似简单，但是对于越冬菠菜的生长是非常重要的，它可以疏松土壤，促进菠菜根系发育叶片生长，使其长得更健壮以安全过冬。菠菜在幼苗期需要的水分并不是太多，如果土壤过分干燥，可以适当的浇一点水，但不宜过多。适当的控制水分，有利于地下根系的生长，也可以避免幼苗顶叶沾污泥浆，引起缺氧窒息死亡。 菠菜长出4到5片叶以后，气温也渐渐的低了，在冬季来临之前，浇一次封冻水，对菠菜安全越冬有好处。浇冻水的时间选择是非常重要的，浇得过早，菠菜出现旺长，休眠期推迟，影响来年的生长;浇得过晚，土壤上冻，水分积聚在地表不下渗，容易对菠菜造成冻害。
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