首先要注意及时防治病虫害。苦瓜中后期抗逆能力降低，感染病虫害的可能性增多，要提早进行预防。目前危害苦瓜的病害主要是白粉病，可喷洒12.5％腈菌唑乳油2000倍液或12.5％特普唑可湿性粉剂1500倍液、62.25％仙生可湿性粉剂600倍液进行防治。随着温度升高，病毒病也将成为危害苦瓜的病害，要注意调整好温度，并做好防虫工作，并提前用病毒A500倍混宁南霉素300倍进行预防。
在此特别提一下苦瓜黄叶。黄叶一旦发生，苦瓜坐瓜能力低，瓜条小，严重的甚至不再坐瓜，菜农损失严重。这其实是一种生理性病害，主要是由于重茬、伤根、品种退化等因素造成的。解决方法是做好前期的预防：一是在苦瓜种植之前，一定要高温闷棚全棚消毒，深翻土壤。二是建议菜农购买杂交品种，不要再使用自己留的种子，因为自留的品种经过了七八年的种植，品种已经退化，抵抗力降低。三是有条件的菜农可给苦瓜嫁接， 这样根系较为发达，发病几率降低。
其次是水肥一定要跟上。随着气温升高，植株长势增强，这就要求肥水供应一定要充足，而苦瓜又喜湿润环境，一般每隔7-10天浇一次水即可，随水冲施一些高档全水溶性肥料，如乐吧、钾乐多等，每亩用5-10公斤，该肥料不仅可供给苦瓜生长所需的营养，而且还利于生根壮秧。以后随着温度再次升高，棚内蒸发量加大，还要适当缩短浇水时间。
若植株黄叶严重，可7-10天喷施一次500-800倍芳润叶面肥，结合灌施500倍根佳一次，促进根系生长，补充苦瓜生长所需的营养，有效延缓苦瓜植株衰老。
再次要注意去除多余枝蔓。苦瓜生长中后期，枝蔓丛生，此时若不及时整枝剪蔓，不仅消耗营养，还容易造成田间郁闭，养分不能集中供应，导致苦瓜生长不良，抗逆能力降低。
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