避免直接冲施 需二次稀释的水溶肥比一般复合肥养分含量高，用量相对较少，直接冲施极易造成烧苗伤根、苗小、苗弱等现象，二次稀释不仅利于肥料施用均匀，还可以提高肥料利用率。
少量多次施用 由于水溶肥速效性强，难以在土壤中长期存留，少量多次是最重要的施肥原则，符合植物根系不断吸收养分的特点，减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。一般每次每亩用量在3～6公斤。
注意养分平衡 水溶肥一般采取浇施、喷施，或者将其混入水中，随灌溉(滴灌、喷灌)施用。需要提醒的是，采用滴灌施肥时，由于作物根系生长密集、量大，对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。如果水溶肥配方不平衡，会影响作物生长。另外，水溶肥千万不要随大水漫灌或流水灌溉等传统灌溉方法施用，以避免肥料浪费和施用不均。
配合施用 水溶肥料为速效肥料，一般只能作为追肥。特别是在常规的农业生产中，水溶肥是不能替代其他常规肥料的。要做到基肥与追肥相结合、有机肥与无机肥相结合、水溶肥与常规肥相结合，以便降低成本，发挥各种肥料的优势。
尽量单用或与非碱性农药混用 蔬菜出现缺素症或根系生长不良时，不少农民多采用喷施水溶肥的方法加以缓解。在此提醒，水溶肥要尽量单独施用或与非碱性农药混用，以免金属离子起反应产生沉淀，造成肥害或药害。
避免过量灌溉 以施肥为主要目的灌溉时，达到根层深度湿润即可。不同的作物根层深度差异很大，可以用铲随时挖开土壤了解根层的具体深度。过量灌溉不仅浪费水，还会使养分淋失到根层以下，作物不能吸收，浪费肥料。特别是水溶肥中的尿素、硝态氮肥（如硝酸钾、硝酸铵钙、硝基磷肥及含有硝态氮的水溶性肥）极易随水流失。
防止地表盐分积累 大棚或温室长期采用滴灌施肥，会造成地表盐分累积，影响根系生长。可采用膜下滴灌抑制盐分向表层迁移。
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