一、复合肥看养分，有机肥看原料
有机肥的原料品类较多，质量也良莠不齐，效果差别很多大。常用的有腐植酸、城市污泥、纸厂纸泥、木质素、生化制药厂的废弃物以及饼粕等，腐植酸类原料对土壤和根系有一定的改良作用，但对土壤中有益菌的支持作用微乎其微，因此在肥料品质上表现一般。而城市污泥、纸厂纸泥由于重金属含量较高，若在处理过程中有遗漏，会造成作物的人为污染，造成收益上的损失。
二、有机肥腐熟后效果更好
木质素类原料的有机肥虽然有机质含量较高，但由于木质素在土壤中分解很困难，用其做肥料效果可想而知。近几年，将生化制药厂的固形废弃物经微生物法腐熟处理后制成的有机肥，在农业的实际生产中表现出了良好的效果，这是由于生化制药厂用于抗生素生产的培养基都会加入淀粉类和饼粕类组分。这些废弃物中的成分其营养价值非常高，经腐熟处理后用做有机肥料则效果非常显着。
三、根据情况选择合适的有机肥
在种植瓜类、番茄等生长期长的蔬菜作物时，不要单纯使用商品有机肥，也不能单纯凭价格来衡量或者选择某种有机肥。可以按照1:1的比例投入农家肥和商品有机肥，可以避免商品有机肥持效期短的缺点。换茬时补充有益微生物也是至关重要的。
有机质对于土壤至关重要，而适时适当的补充土壤有机质对于保持土壤肥力及理化性状又至关重要。随着大规模的种植的到来，传统的补充有机质的方式已经远远不能满足当前种植的需求。以香蕉为例，除了琳琅满目的商品生产有机肥外，鸡粪、油枯等也被用来作为增加养分和有机质的肥料使用于种植中，它们对于改善香蕉内在的品质和香蕉外在的颜色、增产等具有不可磨灭的作用，但是鸡粪中的抗生素、重金属等问题需要注意，使用不当引起的烧根也时有发生，需要每一个种植者在种植中理性选择并正确使用。
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