近年来由于马铃薯的需求量不断增加，种植马铃薯的经济效益好，故在许多地区马铃薯已经成为主要的经济作物，但是马铃薯对连作十分敏感，属于忌连作的作物，导致连作现象在全球马铃薯各主产区十分普遍。
产生连作障碍的原因有：1.土壤养分失衡。连作一方面会导致某些营养元素的匮乏，若这些营养元素得不到及时补充则会影响作物的健康生长，从而引发连作障碍；而另一些作物不需要的元素则会在土壤中过量积累，发生次生盐渍化等现象，同样会导致连作障碍的发生。连作马铃薯后土壤中速效氮、磷、钾含量均下降；马铃薯连作4年后会使土壤中全氮、全磷、全盐含量较不连作土壤减少。
2.土壤微生物区系异常。土壤中的微生物按对植物生长的作用一般可分为有益菌、中性菌和有害菌三大类。在正常轮作种植情况下，土壤中上述三类微生物的数量及比例处于动态平衡之中，有害微生物虽有可能存在，但不会成为土壤中的优势种群，因此不会影响作物正常生长。作物连作种植后，由于存在合适的寄主及适宜的生长环境，一些病原菌便迅速大量繁殖，最终成为土壤中的优势类群，进而影响作物生长，引发土传病害，出现连作障碍。
随连作时间延长，马铃薯根部土壤中干腐病病原菌镰刀菌的数量呈上升的趋势；连作马铃薯后，土壤中对马铃薯生长有益的纤维素分解菌、固氮菌的数量较不连作土壤均减少；连作马铃薯后，土壤中土传病害病原真菌尖孢镰刀菌和茄病镰刀菌的数量有所增加，而拮抗菌球毛壳菌的数量有所下降。
3.自毒物质积累。植物主要依靠根系从土壤中摄取营养物质，土壤化学和微生态环境的变化对植物正常生长影响巨大。植物分泌的自毒物质中尤其以根系分泌物对植物生长的影响最大。根系分泌物一方面可通过改变作物根部土壤的化学环境直接影响作物正常生长；另一方面又可通过影响根部土壤的微生物区系而间接影响植物的健康生长。
防治措施如下：
1.改变种植制度，合理轮作、间作。通过轮作，土壤中的病原菌数量以及病虫害数量可以明显降低。
2.对残留在田地里的植株残体进行集中烧毁，然后将草木灰还田，这样可以有效地杀死残留在秸秆上的虫卵、寄生物等，又可以有效地提供钾肥。
3.马铃薯在出苗后每株用1000倍阿维菌素100毫升灌根或者种植时用阿维菌素拌土，可以有效地防治土传病虫害的发生。
4.播种前对土壤中营养元素的盈缺进行定性定量的测定，并制定合理的施肥制度，施用有机肥，改善土壤结构。
5.种植耐连作的马铃薯品种（如耐病虫害、耐自毒、耐盐害等）。
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