但由于重茬连作，造成生理障害和病害的发生，大大影响了甜瓜的产量和产值。而利用黑籽南瓜做砧木，进行嫁接栽培，可有效的控制土传病害的发生，并利用砧木根系对低温的适应性及旺盛的吸肥能力来抵御不良条件和生理障碍，达到增产增收的目的。
薄皮甜瓜的嫁接一般都采用靠接方法，为缩短育苗时间和嫁接后的成活率的提高，可采用砧木和接穗同营养钵播种的方法。
即把直径12厘米左右，高10厘米左右的营养 28钵装好营养土后浇透水(需要注意的是装土时不可过满，土面距营养钵顶要有1厘米左右的距离，以方便浇水)，然后放进一粒已经发芽的甜瓜种子，盖上一层细土。
甜瓜种子播后11-15天，再在营养钵的不同位置放一粒已经露白的黑籽南瓜子，盖上一层细土。当南瓜子叶展开，真叶露心时为薄皮甜瓜的嫁接适期。
嫁接时先取掉南瓜的生长点，在子叶下方 0.5—1厘米处自上而下斜切一刀，刀口深度不超过茎粗的二分之一。然后把砧木和甜瓜幼苗的切口对齐靠紧，用嫁接夹固定好，也可用塑料条或胶纸缠绕。
甜瓜苗嫁接好后立即放人保温保湿效果好的塑料小拱棚内，进行遮光或半遮光。温度白天控制在30—35℃，夜间18—20℃。3—5天后逐步撤去遮光物，进行通风。并用百菌清烟雾熏蒸一次，预防病害的发生。嫁接后10天左右，待伤口愈合后将甜瓜苗的根部剪断。以后进行正常的温光水肥管理即可。
