一、石灰消毒
选择天气最热的时候，将前茬的遗留物清光，每亩施用50-100kg的生石灰，并在垄沟内铺满稻草、麦草、玉米秸等1000-2000kg，破垄将石灰和稻草用旋耕机或犁杖深翻，埋在地下即可，深度为30-40cm，最好深翻两遍，秸秆尽量短一些，翻耕后要压实，用无破损旧膜将土壤表面完全封闭，防止土壤水分散失和温度降低，从薄膜下灌水，到畦面充分湿润为止，不能积水。
二、高温消毒
温室可完全封闭，要求20cm土层内温度达到40℃维持7天，或37℃维持20天，即可有效杀灭土壤中细菌、根结线虫等有害生物。消毒完成后翻耕（深度以30-40cm为宜，避免土壤深层的生物翻到地表），晾晒3-5天后方可播种或定植。
三、紫外线消毒
利用光辐射对土壤消毒是利用紫外线消毒，紫外线的来源是最自然的阳光。将配置好的培养土铺开，在阳光下暴晒3天，为了提高紫外线的强度，通常采用反光板，反光板是利用铝箔光反射作用，将铝箔板迎着阳光斜对地面，将铝箔接受的太阳光线通过反射或折射作用照射到地面以提高土壤的温度，反光板可以使土壤的地表温度达到50℃，地下20cm的温度可以达到15℃-20℃，这样可以消灭土壤大量病菌、害虫（卵）等。
四、热水消毒法
土壤热水消毒是利用高温热水消毒机产生高温热水对土壤进行消毒，采用高精度传感器控制热水温度，采用循环泵使水温均匀。分为燃煤式土壤热水消毒机、热水输送系统、热水分配器及注水滴灌系统等三部分。这种技术是采用耐高温水管将92℃以上高温热水输送到需要消毒温室的栽培基质槽或栽培畦。
可将20cm深的土壤温度在2小时之内升至50℃以上，50℃以上可持续1-2小时，45℃以上持续时间可达3.5小时，而30cm深的土壤温度约33℃左右。经过处理前后的观测比较发现，土壤经高温热水消毒处理后，土壤中大量存在的根结线虫基本被杀灭。
五、药剂消毒
药剂消毒是利用各种化学药剂或生物药剂通过喷淋、浇灌、拌土、熏蒸等手段对土壤进行消毒，利用的药物主要有甲醛、代森胺、氯化苦、溴甲烷等杀虫剂和杀菌剂。
1、喷淋或浇灌法
将药剂用清水稀释成一定浓度，用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋施药对土壤消毒适用于大田、育苗营养土、温室栽培等。
喷淋法的主要农药是甲醛、代森铵、波尔多液等。甲醛对防治黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等效果较明显。代森铵可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病，还能有效防治球根类种球的多种病害。波尔多液对防治黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等效果较明显。
2、毒土法
毒土法是将药剂配成毒土，然后施用。毒土的配制方法是将农药（乳油、可湿性粉剂）与具有一定湿度的细土按比例混匀制成。毒土的施用方法有沟施、穴施和撒施。毒土法可以起到土壤消毒的作用，也可以起到杀虫、灭草的作用，在稻田、菜田、果园都可以使用，药剂需因地制宜、因作物而异。
3、熏蒸法
利用土壤注射器或土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中，在土壤表面盖上薄膜等覆盖物，在密闭或半密闭的设施中使熏蒸剂的有毒气体在土壤中扩散，杀死病菌。土壤熏蒸后，待药剂充分散发后才能播种，否则，容易产生药害。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、甲醛、氯化苦等。此方法可在设施农业中的草莓、西瓜、蔬菜种植上应用。
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