一、温度
阴雨天辣椒苗最主要的是保温，如果温度过低，易引起沤根和病害发生，因此白天以少通风为宜，一般通风换气20分钟即可关棚提高温度，白天温度控制在25℃以上，夜间为了提高温度，可在小拱棚上加盖草席，使温度保持在15℃以上。晴天上午九点至下午四点揭开拱棚两头进行通风换气，随着苗的长大，要逐渐加长通风时间，如果白天温度超过22℃，要加大通风口，防止烧苗。
二、水的管理
苗出齐后要控水，浇水一定要查看土壤墒情，表土泛白色，早上查看小拱棚膜上水珠稀少时就及时补水，采用喷壶喷洒，浇水最好在晴天，浇水后及时通风排湿，降低湿度，减少病害的发生。
三、肥的管理
幼苗出现三片真叶时，及时追一次稀薄的沼液肥，沼液头天取出，让有害气体充分挥发后再使用，用时浓度不能太大，否则发生肥害，最好一桶水兑一瓢沼液为宜，以后根据苗的长势来确定施肥水平和次数。
四、炼苗
在辣椒苗龄达35天，定植前一周先揭开小拱棚膜两侧进行炼苗，以后逐渐加大通风口，慢慢的揭去棚膜，进行全天炼苗，晚间可根据气温来确定是否盖膜。雨天一定要盖膜，谨防雨水淋湿，引起病害发生。
五、雨后及时清沟理墒
排除苗床积水，做到沟沟相通，雨停水干，以降低苗床湿度为主，湿度大可撒适量草木灰吸湿，促进根系稳健生长。
六、病虫害防防治
1、猝倒病：当幼苗遇阴雨天气，光照不足，湿度大，出现低温高湿环境，极易发生猝倒病，可用58%的雷多锰锌500-600倍液、杀毒矾可湿性粉剂500-600倍液防治。
2、立枯病：当播种过密，间苗不及时，湿度过高易诱发此病，可用50%的甲基托布津800倍液、50%的福美双800倍液进行防治。
3、虫害：主要有蝼蛄、蛴螬可用50%的辛硫磷1000倍液防治。
