1、养分含量低。
与养分单一的化肥相比是优点，但是它的养分含量低，也存在供应不平衡问题，不能满足作物高产、优质、增收的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施不同比例化肥，做到平衡施肥。
2、需经过发酵处理。
许多（粪）有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，还有些有机肥料中含有不利于作物生长的有机化合物，所以，有机肥必须经过高质量发酵、加工处理后才能施用，生粪绝不能下地。后果惨重！
3、肥效迟缓。
在有机肥施用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。因此，要利用化肥养分含量高，肥效迅速的优点，将有机肥与化肥配合施用，缓急相济，取长补短，发挥混合优势，满足农作物生长发育过程中对各种营养元素在数量和时间上的需求。
4、不同作物，区别施用。
应根据种植土壤的质地、气候以及种植作物的生长习性、需肥特性，选择合适的有机肥料进行合理施肥。例如：人粪尿中含有大量的氯离子，对忌氯作物应避免施用。12个（氮磷钾）养分的有机肥，在蔬菜大棚使用很容易烧苗！5个养分就比较适宜！
5、施用方法要得当。
有机肥（果树）应采用开沟条施或挖坑穴施，进行集中施肥，施后及时覆土；若采用撒施，施后应翻入土壤。一般大田作物均做底肥。将有机肥与化肥混合施用，效果更佳。如过磷酸钙与有机肥拌施，能大大提高肥效。
6、不是越多越好。
在农业生产中也存在计量施用的问题。如果有机肥的用量太多，不仅是一种浪费，而且也可造成土壤障碍，影响作物生长发育。应根据土壤中各种养分及有机质的消耗情况合理使用，做到配方施肥、科学施肥。
7、腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥肥效。
有机肥既可以有效地增加作物的产量和品质,又可以提高土壤肥效。
但是不科学的施用或施用质量较差的有机肥，既造成了资源的浪费,还会影响作物的生长,而且会对环境造成污染。
因此,为了更好地使有机肥为农业做贡献和保护环境,就需要正确地认识作物的生长环境, 科学施用高质量的有机肥。
