窖贮秸秆青贮大多采用窖贮法，要求窖不透气、不渗水，具有一定深度，窖壁垂直而光滑。可将切短的秸秆装入窖里，装填时用人或机械压实，减少窖内存留空气。无论机械还是人工压实，都要注意窖四周及角落处不易被压到的地方。压实的密度越高，青贮中霉菌含量越少，有氧稳定性越好，青贮发酵品质越优，青贮压实密度以每立方米青贮内的空气不超过1.2升为宜。
密封装填完成后3~4天，如果不能阻断外部空气进入青贮容器，将发生丁酸发酵。由于好气性细菌的大量增殖，乳酸菌活动会被抑制，pH值不会降低，会产生劣质青贮饲料。延迟密封会降低青贮中发酵物的含量，而尽早密封，饲料品质会更好。因此，装填后应迅速密封。具体方法：在装满青贮窖后，窖边上的秸秆与窖边持平，中间略高，约高出窖墙顶20厘米即可，整体呈拱形；再覆上一层塑料膜，薄膜要延伸到墙底；随后在膜上压上厚泥土或轮胎，使其不漏气、不透水。
控温青贮饲料的关键，在于要使乳酸菌快速生长繁殖。为此，要适时收割秸秆、保持适当水分、保证厌氧环境、控制适宜温度。注意事项：一是粉碎的秸秆务必新鲜、无霉变，尽量当天采收、当天处理；二是放进窖池后须层层压实、减少空隙；三是窖池装满后须及时封闭，防止空气流入致饲料霉变；四是取食青储饲料后要及时密封，防止青储饲料，受空气影响降低品质。
