首先，重视浇水。因幼苗小，尚未行根，盖沙薄，不可浇灌。此期晴日光照强烈，温度高，土壤水分蒸发量大，苗床易落干，所以必须勤浇洒，播种后10天内，于每天上午洒浇一次水；11天-20天隔一日洒浇一次水；21天-35天，相隔2-3日洒浇一次水，要保持畦面见湿不见干，间隔天数越多，要洒浇水量越大；35天之后，苗子已生长的较大，可改为浇灌。
其次，通风降温。在夏伏期，当大风雨到来之际，为避免大风刮棚膜，不管是在白天还是在夜间，都要及时关闭通风口。但关闭通风口后，棚室内很快形成高温高湿的不良小气候，这对芹菜苗生长极为不利，如果不及时通风降温排湿，棚室内芹菜苗易遭受蒸闷而产生高温障害，或发生软腐病倒苗。因此，风雨过后要及时打开所有通风口，昼夜大通风。必要时采取强制通风，加大通风排湿量，确保芹菜苗不受灾害。在烈日中午前后覆盖遮阳网，避免强光日灼菜苗，并与所有通风口安装上避虫网，防止潜叶蝇、白粉虱、烟粉虱、有翅蚜等害虫，潜入棚内为害芹菜苗。
再次，芹菜对钙、硼元素都敏感，如果缺钙发生心腐病，缺硼易出现植株外叶黄化，叶柄和茎劈裂等症状。芹菜对钙和硼的吸收，靠钾带动，如果土壤中不缺钙、硼，而缺钾，因钙和硼不能被芹菜吸收，仍然出现缺钙病和缺硼症。为培育芹菜壮苗，在育苗期就应特别重视增施这两种元素。
另外，使用药剂喷雾防治：15公斤清水中加入10%噁醚唑（世高）水分散粒剂7.5克，再加入70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂15克；喷雾全株。或用75%百菌清可湿性粉剂兑水600倍，全面防治蔬菜苗期病害。
