1、病毒病 西葫芦病毒病又称花叶病，在其生长期都可发生，一般发病率为5%～15%，主要由黄瓜花叶病毒、甜瓜花叶病毒、南瓜花叶病毒和烟草环斑等多种病毒单独或复合侵染引起。
其症状随菌源不同有异：
一是黄化皱缩型。自幼苗至成株期均可发生。首先叶脉失绿，然后黄化，皱缩下卷。病株矮化，扭曲畸形，瓜小，瓜面出现花斑或产生凹凸不平的瘤状物，严重时整株枯死；
二是花叶型，当幼苗4～5片真叶时即可发病，新叶出现褪绿斑点，以后表现为花叶，严重时顶叶畸形，变为鸡爪状，矮化不结瓜或瓜畸形，发病早的可引起全株萎蔫。该病主要由蚜虫传播，因此从苗期到生长后期要及时防治蚜虫以减少带毒传播机率。
防治方法：
一是选择抗性品种。如矮生早熟品种、花叶型品种均表现较抗病。
二是种子消毒，用10%磷酸三钠浸种20分钟后洗净催芽播种，也可用55℃温水浸种40分钟然后催芽播种，均有良好的防治效果。
三是及时防治蚜虫和白粉虱。可每亩用10%吡虫啉可湿性粉剂5～10克防治蚜虫；用2.5%联苯菊酯乳油3,000倍液喷雾防治白粉虱。
四是药剂防治。在发病初期可用20%病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5%植病灵1,000倍液，或0.5%抗毒剂1号水剂250～300倍液，结合叶面喷施磷酸二氢钾效果更好，每7～10天喷1次，连喷2～3次，效果较好。
2、菌核病 该病主要危害茎蔓、瓜条。茎蔓被害，初期出现水渍状浅褐色，后期茎蔓软腐，长出白色菌丝。严重时病茎纵裂干枯，茎内出现黑色菌核。瓜条受害，先发生于残花部，然后引起瓜条发病，病瓜呈水渍状腐烂，长出白色菌丝，以后菌丝上长出菌核。菌核病是由真菌侵染引起的病害，常在塑料大棚内越冬，随气流传播到植株上，从伤口或花器侵入体内，产生病害。
防治方法：菌核病的防治宜采用综合防治措施，如实行2～3年一次轮作，并使湿度控制在80%以下；或者采取小高垄盖地膜，膜下暗灌等农业措施均可避免或减少病害的发生。
发病时喷50%速克灵（腐霉利）可湿性粉剂1,000倍液，或50%乙烯菌核利可湿性粉剂500倍液，或40%菌核净1,000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，每10～15天喷1次，连喷2次防效较好。
3、霜霉病 霜霉病是瓜类作物普遍发生而危害严重的病害，常在叶片上发病。苗期发病时，开始褪绿变黄，最后枯死。成株叶片发病，初期呈水浸状黄色小斑点，后发展成多角形，后期病斑边缘黄绿色，干枯时易破。
在高湿条件下，病斑背面长出灰黑色霉层。严重时，病斑成片，全叶黄褐色枯萎，故又称“跑马干”。病菌通过气流、雨水、昆虫传播，由气孔或直接穿透表皮侵入叶片。在日均温度20～25℃时，叶面有水滴6～12天即可萌发侵入，3天即可发病。
防治方法：选用抗病品种，并通过栽培措施提高温度，降低湿度，控制发病。发病初期可用百菌清烟雾剂熏治，每次用45%百菌清烟雾剂 200～250克，分堆均匀旋转在保护地内，点燃后闷棚，一般是傍晚开始，次日早晨结束。药剂防治可用40%乙膦铝可湿性粉剂200～300倍液；25%瑞毒霉（甲霜灵）可湿性粉剂600～800倍液进行喷施。7～10天喷1次，可交替用药。
4、灰霉病 灰霉病病菌多从开败的花中侵入，使花、果脐腐烂，病部表面密生白霜。大瓜受害，组织变黄并生白霉后变淡灰色，重者腐烂脱落。叶片病斑，边缘明显，生有少量灰霉。茎染病，数节腐烂，易折断使植株死亡。此病由分生孢子随气流、雨水进行传播蔓延，发育适温为23℃，春季雨天，气温低而湿度大时发病较重。
防治方法：加强管理，室内经常通风降湿，及时摘除发病的花叶果，并用80%代森锌800～1,000倍液，50%速克灵（腐霉剂）可湿性粉剂，50%多菌灵可湿性粉剂800倍液进行喷施。7～10天喷1次，连续进行3～4次。
5、软腐病 危害西葫芦的茎基软腐病，是新近在各地普遍发生的一种病害，通常在植株有10～12片叶片时，先从下部伤口处开始发生，先在离地面3～5厘米处形成不规则水渍状褪绿斑，逐渐扩大后呈黄褐色，病部纵向扩展，并向内侵害，随后茎部开裂，髓部也开始受害。茎基部凹陷软化腐烂，湿度大时有黄色或白色菌脓流出，并伴有恶臭，茎基部一触即倒，后期随着病部扩展，植株萎蔫死亡，病组织腐烂成麻状。
6、西葫芦茎基软腐病
是一种细菌性病害，病菌随病残体在土壤中越冬，次年借风雨、昆虫及灌溉水传播，由植株伤口侵入。侵入后分泌果胶酶溶解中胶层，导致植株细胞分崩离析，细胞内水分外溢，引起腐烂，重茬栽培时土壤中残留病菌多易发病，大棚等保护地内湿度较大，湿度大土壤通气性不好，会引发病害。在大水漫灌时，更易引起软腐病菌的流动传播。
防治方法：
① 农业防治。在已发生该病的棚室内尽量不要连作，可以和葱蒜类、茄果类蔬菜作物轮作；采用高厢栽培，使栽植厢面干燥爽水，排水良好，气流通，能降低株间湿度，有利于伤口愈合。
而且在高厢栽培时灌溉水不易接触到西葫芦，从而减少病菌入侵的机会，可大大减少病害的发生。抓住晴天整枝打杈，整掉的枝叶不存放田间，带出烧毁或深埋，以减少菌源侵入。田间发生病株时，要及时处理，严重的全部连根带土拔除，并对病株土壤消毒灭菌，对病穴用石灰消毒。
② 药剂防治。一是在西葫芦定植前15～20天，可用氰氨化钙（石灰氮）进行土壤处理。或用3%中生菌素可湿性粉剂和50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂按1∶1的比例加水配成浆糊，在发生该病后的植株病斑外涂抹，有一定的控病效果。
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