1、叶枯病
主要危害叶片，叶片感病后变黄褐色，湿度大时则病部腐烂，严重的沿叶脉向下侵染嫩茎到心叶，造成严重减产，因此对这种病害要特别加以防治。
防治方法：用“克菌丹”或“多菌灵”500倍液浸种10～15分钟，冲洗干净后播种。其次是加强管理，在扣棚初期湿度偏高时要注意放风排湿，发现病害要及时喷药防治，用多菌灵600～800倍液、代森锰锌600倍液、70％甲基托布津800～1000倍液、百菌清500倍液，两种以上混合使用效果更佳。
2、根腐病
多发于低洼、潮湿的地块，香菜根系发病后，主根呈黄褐色或棕褐色，软腐，没有或几乎没有须根，用手一拔植株根系就断。地上部表现植株矮小，叶片枯黄，失去商品性。
防治方法：尽量避免在低洼地上种植，湿度不能长期过大；药剂防治以土壤处理为主，可用多菌灵1公斤拌土50公斤，播前撒于播种沟内，在易发病地块可结合浇水灌入重茬剂300倍液。
3、花叶病毒病
冬季温室种植香菜很容易感染花叶病毒病，在植株上出现黄色花叶，以心叶发病最重，还会造成植株严重矮化，不长新根，不发新叶，植株越长越小，最后枯萎死亡。香菜花叶病毒病主要依靠蚜虫传播，蚜虫为害严重易造成花叶病毒病迅速蔓延。
防治方法：
（1）用800倍液50%氯溴异氰脲酸水溶液浸泡香菜种子2～3小时，杀灭潜伏在香菜种子内部的病毒，捞起洗净，沥干水分后再播种；
（2）及时防治蚜虫，在香菜幼苗开始展叶后，每7～10天喷洒1次3%啶虫脒悬浮剂，连喷3～5次；
（3）注意抑制病毒活性，可每15～20天叶面喷洒1次0.1%的硫酸锌，抑制香菜植株中的病毒活性。
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