大蒜的虫害主要有蚜虫、葱蓟马、蒜蛆等，尤以葱蓟马的为害较为普遍，特别是在干旱少雨的年份，葱蓟马的为害更重。其成虫和若虫以刺吸式口器吸取叶片汁液，被害叶上有许多灰白色的斑点出现。发现虫情应及时用40％乐果乳剂与80％敌敌畏乳剂1500倍液混合喷洒或10%吡虫啉可湿性粉剂2500倍液。
蒜蛆在大蒜生产中的为害并不普遍，只是个别地方由于使用了未腐熟的有机肥或在蒜种“烂母”时招致成虫产卵，卵孵化后进入土中，啃食蒜根、假茎引起腐烂，轻者叶片发黄、株矮，影响产量，重者造成死棵。防治蒜蛆可将1000倍液的乐果乳油、乐斯本或辛硫磷装在喷雾器中，将喷片取出，把药液施入根部土壤中。注意切勿使用剧毒农药。
大蒜的病害主要有紫斑病、灰霉病等，病害发生后可交替使用75％百菌清、64％杀毒矾、50％扑海因、70％甲基托布津等药剂600～800倍液喷雾防治。
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