红葱专业化基地形成以后，生产红葱田块常不断连作，土壤养分不平衡趋势加剧，连作障碍越来越普遍，病虫害发生日趋严重，首先要采取综合防治措施防治病虫害：
（1）农业防治。尽量实行土壤轮作制度，最好水旱轮作。可采取在5月至8月的红葱休眠期栽培中稻，既能改良土壤，又能促进红葱生产。种植时要选用不带病虫的优良葱种。有机肥要充分腐熟后施用。整个生产过程要保持田园清洁，及时铲除田边，沟边杂草，减少田间病虫源。
（2）物理防治。利用频振式杀虫灯诱杀夜蛾类害虫；用黄色粘板（纸）诱杀蚜虫、蓟马和蝇类成虫。
（3）生物防治。首先要积极保护和利用天敌，如蓟马天敌花蝽等；推广使用核型多角体病毒（NPV）和苏云金杆菌（Bt）等生物农药。
（4）化学防治。化学防治应以预防为主，在病虫害发生和流行之前及时控制其危害。在病虫害高发期间，每次采收后及时淋施30%氧氯化铜悬浮剂300倍液，或70%敌克松可湿性粉剂600～800倍液等预防软腐病、疫病等病害发生；撒施15%乐斯本颗粒剂每亩1千克左右预防葱蝇、葱蓟马等虫害发生。
在进行化学防治时应严格按照GB4285和GB/T8321的要求，不得使用国家和地方明令禁止在蔬菜上使用的高毒、高残留农药及其混配农药品种。应做到安全、合理使用农药，不同的农药合理交替使用，严格遵照农药的使用浓度和安全间隔期。
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