1、根腐病
也是属于真菌性病害，特别是在连作条件下，棚室出现高温高湿环境时，即可严重发生，从定植后至结果期均可发病。
主要侵染茄子的根部和茎基部，初期发病时茄树白天萎蔫，早晚尚可恢复；随着病情发展叶片恢复能力低，最后失去恢复能力而全株枯死，拔出病株可见根和茎基表皮变褐腐烂，木质部外露。在温度25～28℃时，土壤潮湿时最易发病。
防治方法
① 农业措施：实行轮作。可与十字花科、葱蒜类蔬菜实行2～3年轮作。采用高厢栽培，同时喷施高脂膜800倍液可抵抗不利的环境。避免雨后或灌水后根系长时间浸泡在水里。棚室土壤有积水时要及时排除，防止土壤过湿。
② 药剂防治：用50%多菌灵可湿性粉剂或50%苯菌灵可湿性粉剂与适量细土拌匀，在定植时均匀撒入定值穴内，有一定的预防病害效果。
发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂800倍液，或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500～800倍液，或硫酸铜200倍液等灌根，每7～10天1次，连灌2～3次，效果较好。
2、黑枯病
该病是一种真菌性病害，病菌以菌丝体或分生孢子在病残体及种子上越冬，成为初侵染来源，种植期间发病后，分生孢子可通过风雨传播，在棚室内侵染健康植株，特别是在保护地栽培，容易形成高温高湿条件，在夜间植株叶片上形成水滴情况下，病害传播蔓延速度快，极易造成黑枯病危害。
该病可侵染茄子叶片、果实和茎秆，主要危害叶片，叶片染病先出现灰褐色至灰黑色近圆形的小点，病斑外围多有黄绿色的晕圈，随着病情继续发展病斑周围变为深褐色至紫黑色，外部变为浅褐色，部分病斑形成轮纹，湿度大时病斑背面出现灰褐色霉层。
果实受害果面先出现较多水泡状隆起病斑，之后病斑凹陷腐烂。茎秆及果梗受害，常出现凹陷或龟裂的近圆形病斑。
防治方法
① 茄子种子播前严格做好消毒，可采用温汤浸种的办法，即种子先用52℃温水浸泡30分钟，再放入15～25℃温水中浸泡4～6小时，捞出后放在高温条件下催芽。
② 见到发病后，应立即摘除病叶，清除土壤中的病残体，搞好田园清洁卫生。
③ 在管理中要随时注意调节好棚内的温湿度，及时放风排湿；灌水时不能过量，以防止形成高温高湿环境，诱发病害发生。
④ 药剂防治。发病初期可用50%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，或50%硫磺·甲硫灵悬浮剂500倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1,000～1,500倍液喷雾，每隔7～10天1次，连续防治2～3次，效果较好。
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