1、病毒病
危害辣椒的病毒主要是黄瓜花叶病毒(CMV)，其次是烟草花叶病毒(TMV)，在多年种植的大棚内发生较重，传毒主要是蚜虫和土壤中的病残体，在晚秋，及时地防治大棚内的蚜虫是关键。
2、根腐病
根腐病主要危害辣椒根系茎基部，大棚延迟辣椒在开花结果初期发病，连作地区有些年份发病要早些，感病的植株开始在白天枝叶萎蔫，傍晚仍恢复，反复几天后枯死，发病的植株茎基部的皮层呈淡褐色，严重腐烂，在发病轻的地方，症状表现不如重病块的明显，其病原是镰孢霉属的真菌，以厚垣孢子或菌核在土中越冬，成为下一年的初侵染的主要侵染源，防治根腐病的主要措施是清除田间病残体和进行土壤消毒。
3、辣椒疫病
疫病从苗期到成株期均可发生，苗期发病，茎基部呈暗绿色水渍状，几天后就出现软腐或猝倒，成株期大棚内的温度适宜，湿度大，植株生长茂密，尤其是重茬地块，病害发生重，在高湿的情况下，病害发生很快，要加强大棚管理，注意通风，降低棚内的湿度，减轻病害的发生。
4、防治措施
(1)根据延迟辣椒不耐浓肥，不耐水涝的特点，合理地施肥浇水，增施磷钾肥，减少氮肥的施用量，防止发生徒长，特别进入营养生长和生殖生长时期，要小水勤灌，注意中午前后适当通风，控制棚内湿度，抑制病害的发生与发展。
(2)定植后要及时地进行化学防治，防治病毒病的主要措施是及时防治蚜虫等传毒介体，常用的药剂有50%敌敌畏乳油1000倍，敌杀死乳油8000倍，10%除虫精乳油6000倍，对根腐病的防治，可用30%根克威胶悬剂400倍，40%多菌灵胶悬剂500倍，50%复方苯菌灵800倍，根据郯城县红花乡连续2a的防治结果来看，50%苯菌灵防治效果非常显著。
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