（1）菌种带菌。有的菌种在菌丝生长初期就感染有杂菌，但长势弱，不与黄背木耳菌丝形成拮抗，以后被黄背木耳菌丝生长遮盖，无法辨认出是否已感染了杂菌的菌种。一旦用于生产，因杂菌生长快，很快就在菌种上长出杂菌来，抑制黄被木耳菌丝生长。或者是在菌种长满瓶后，封口物上后瓶口表面长出杂菌，接种时将带有杂菌的菌种接入，也很快长出杂菌。
（2）灭菌不彻底。菌袋周身出现许多点状的霉菌，这主要是灭菌不彻底造成的。造成灭菌不彻底的原因主要有以下几点，
一是灭菌时的温度偏低，在95`C以下。或灭菌时间偏短，不足10小时。灭菌时温度要达到100`C,灭菌时间在温度达到100`C时保持在12小时；如果灭菌灶内装袋量在1000袋以上，要维持15-18小时，才能防止出现灭菌不彻底现象。
二是培养料中有的原料中存在大量的霉菌，发生质变，灭菌时，不宜将霉菌完全杀死。
三是拌料造成。在拌好的培养料中有部分原料是干料，特别有一些较粗、吸水性差的原料，内部仍然干燥，干料上的杂菌不易被杀死，即使在高压锅内灭菌，温度达到125`C时，也不易被杀死。
四是培养料中含水量偏高，超过70%，用手捏料时有水滴出，料中通透性降低，灭菌时蒸汽在袋料中传输不畅，料袋内温度升不高，达不到彻底灭菌的目的。
五是接种带菌，接种场所密封性不好，消毒不彻底，接种场所内存在有大量的霉菌孢子。另外，在接种时，接种工具和手消毒不彻底，带有霉菌孢子，接入菌种时，带入袋料内。这种现象造成的杂菌感染在袋口上出现，菌种生长的同时杂菌也生长。如杂菌数量多、生长快，会抑制菌丝生长；若杂菌较少，生长速度较慢，菌袋上会出现一部分是黄背木耳菌丝，另一部分则是杂菌，长成“花袋子”。有的霉菌不与黄背木耳菌丝形成拮抗，而是协同生长，最后被黄背木耳菌丝覆盖，但对黄背木耳产量造成影响。
六是菌袋上出现微孔，是因为培养料中的一些尖硬原料刺破所致，或者塑料本身质量较差，如厚薄不均匀，易拉出裂痕。或者在高压灭菌时，急骤升温、升压，排气时，都可使塑料鼓气磨破，出现微孔。
七是环境污染。培养场所不清洁，有大量的霉菌孢子，潮湿通风透气不良，都可引起菌袋感染上杂菌。此外，堆码菌袋时，袋口互相靠拢接触，与墙壁接触，封口纸受潮，霉菌孢子在封口纸上萌发生长进而伸入到菌袋内，出现杂菌感染。有的封口物破裂，出现微孔。或封口纸捆扎不牢，疏松有间隙，杂菌孢子进入袋内，出现杂菌感染。菌袋背老鼠咬破，也是造成杂菌污染的一个重要原因。因此，在培养菌袋之前，一要对培养场所进行杀菌处理。二是在堆码菌袋是，袋口不要互相接触和与墙壁接触。三要用较厚、不易破裂的纸封口，封口纸要扎牢。四要防止鼠害。
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