水芹的主要病害有斑枯病和锈病，一般病情发展较慢，只要防治及时，不致造成严重危害。
水芹斑枯病
水芹斑枯病
斑枯病属真菌性病害。在长江流域一般于秋季开始发病，一直可延续到次年春季，主要危害叶片。病原菌孢子首先从中、下部叶片侵入，渐及上部叶片。在叶片上初生淡褐色斑点，逐渐扩大为椭圆形，直径3~4毫米，外围有褪绿或发黄的晕圈，病斑中央灰白色，有稀少的小黑点，即病菌的分生孢子器。病斑增多和扩大后，可引起叶片提早枯黄，造成减产。
防治方法：
注意及时匀苗移栽，防止株间拥挤，促进通风透光，以减少感染。施肥注意氮、磷、钾配合，防止氮肥偏多，降低植株抵抗力。发病初期，暂时落干田水，用50%的多菌灵可湿性粉剂，加水500倍和50%的代森锰锌可湿性粉剂加水600倍，分次进行喷雾，交替使用。一般每周1次，共喷3~4次。
水芹锈病
水芹锈病
锈病属真菌性病害。在长江流域发病季节与水芹斑枯病相近，但在留种植株上于第二年春夏常可发病较迟，危害较重，影响种苗质量。植株茎秆、叶片和叶柄均可受侵害。在叶片上初生很小的褪绿斑点，随后中央呈橙黄色疱状隆起，后期表皮破裂，散出红褐色粉末，即病菌的夏孢子。斑点多而密集，并向周围扩大，直至全部叶片变黄枯死。
在秋冬季节，植株上产生的夏孢子堆不久又可产生点状或长条状的冬孢子堆，散出黑褐色粉末，即病菌的冬孢子。叶柄上受侵染后初生点状或短条状隆起，不久隆孢变橙黄色，最后表皮破裂，散出红褐色粉末，也是夏孢子。茎上发病的症状与叶柄相似。植株受害后可引起部分叶以至全株早枯，造成减产。
防治方法：
与班枯病略同，但所喷药剂宜改为粉锈宁和代森锰锌交替使用。粉锈宁宜用25%的可湿性粉剂加水1000~1200倍喷雾。代森锰锌宜用50%的可湿性粉剂加水500~600倍喷雾。
