莲藕根腐病目前传播面广，对莲藕生产危害大，其发病轻重又和环境因素关系十分密切，因此增加了防治难度，当前对于该病还没有特效农药，所以单纯依靠药剂防治收效不大，必须进行综合防治。
①实行2～3年轮作。特别是水旱轮作对减轻病害有重要作用。
②选用无病种藕栽种。种藕时，用50%多菌灵或甲基托布津800倍液，加75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷雾后用塑料薄膜覆盖，密封闷种24小时，晾干后播种。
③合理施肥。基肥以有机肥为主，肥料必须充分腐熟。重施石灰，特别是在土壤酸性重、还原性强时，石灰要早施、多施。生长期间注意氮磷钾的配合，增施硅质肥，提倡补施硼、锌、钼等微肥，切勿偏施氮肥。
④清除病株。生长期间发现中心病株后及时将其从近健株处切断，挖除病株，带出田外烧毁。
⑤科学管水。发病期深水灌溉，降低地温，抑制病菌繁殖。留种莲田冬天保持深水浸泡，切勿排干水和冬翻晒垡。非留种田采完莲子后一律砍伐荷梗翻耕或挖藕加工藕粉，栽一季冬作物。不种冬作物也要翻耕灌水浸田，减少土壤及病残体病菌。
⑥及时施药。发病期用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液加75%百菌清600倍液喷洒。也可用上述混合药粉500克拌细土25～30千克，堆闷3～4小时后撒入浅水层莲蔸下。2～3天后再用上述混合剂600倍液或70%甲基托布津800倍液，或多菌灵200倍液混合“402”4000倍液，喷洒叶面和叶柄，连喷2～3次，能减轻或控制此病蔓延。
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