香菇虽是需光性真菌，但在菌丝营养生长阶段完全不需要光线，强烈的直射光对香菇菌丝有抑制作用和致死作用，因此，发菌阶段要做好遮光工作。
香菇是好气性真菌，在缺氧的情况下菌丝借酵解作用暂时维持生命，但消耗大量的营养，菌丝易衰老，死亡快，因此应及时做好刺孔增氧工作。
夏天高温，香菇菌丝会遭受高温影响，发菌场所选择好坏，措施是否得当直接关系栽培成功与否。散堆及时，降温措施到位的，菌棒烂棒较少，而管理不当的，往往造成大量菌棒烂棒。
在菌筒发生生理性病害时应当及时采取措施加以防治。当菇筒出黄水阶段应用消毒后的竹尖将菌筒刺破让黄水排出，并用沾有消毒药水的棉布将黄水吸去；若发现菇筒局部出现污染与烂筒，应及时括去烂筒部位的培养料，采用注射法注入香菇烂筒防治剂或200倍多菌灵与甲基托布津并盖上一层石灰粉，另放置在干燥阴凉通风的其他培养室观察培养，防止交叉感染；
防治香菇菇筒的“烂筒病”是一个综合防治的过程。从接种到培养菇筒，到下田排筒都要做好消毒防治工作。不能有任何的疏忽大意，每一个生产环节都要十分注意做好病虫害防治工作，避免发生生理性病害：一旦发现病虫害入侵，就要及时做好杀虫与灭菌工作，将烂筒的损失降低到最低程度。
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