一、木霉
木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成良机，尤其是 多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗危害的场所。
危害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉能生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，使香菇组织细胞溶解死亡。
木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和香菇菌丝。因此，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。
一旦发生木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍的50%多菌灵、75%甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
二、毛霉
毛霉又叫黑霉，长毛霉，菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3厘米左右。
毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，步履艰难，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。
发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等等。防治方法同木霉。
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