1.畸形菇：大脚菇—菌柄粗而短，菌盖肥厚，原因主要是高温品种制棒较迟，出菇时遇低温影响而形成，防治措施主要是选用的品种要符合对温度的要求，合理安排生产季节。空心柄菇—菌柄空心柔软，菌盖小，出菇密而成丛，原因菌筒失水严重，空气湿度偏低，气温偏高而导致幼菇脱水空心。防治措施主要是每采完一潮菇后及时补水处理，以搬动惊蕾补充水分。螺盖菇—菇盖如田螺大小，原因是高温品种生理尚未成熟而又在低温条件下催蕾出菇;低温品种生理尚未成熟又在高温条件下催蕾出菇;培养料中氮源过多。防治措施主要是对症处理，找出致病原因，安排好出菇期，出现的螺盖菇要及时除掉以保养分，待温度适宜时再出菇。
2.萎烂菇：在菇蕾期出现萎烂现象，主要因菇棚湿度过大，杂菌侵入造成烂菇，有的属病毒性为害使菌丝退化，造成子实体腐烂，二氧化碳含量过高等。防治方法：调节温度，不受高温侵害;控制湿度，菇棚相对湿度保持90%左右，菌棒含水量60%左右;经常检查，除根，局部涂石灰水或新洁尔灭。
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