5、褐斑病
又叫斑点病、凹斑病。子实体感病后，首先长出白色绒毛状菌落，随后在菌盖上出现褐色凹陷病斑，其内充满分生孢子，受害的菇畸形，菌柄肿大或弯曲，最后枯死，但菇体不腐烂，无臭味。
自然条件下，该病生长在水稻田土壤中。在温度偏高的条件下易发病，能通过覆土和喷水时传染。
防治方法：
培养料要进行充分的腐熟发酵；覆土材料要取下层土壤，用甲醛喷洒后，塑料薄膜覆盖闷杀24h;覆盖在菌床上的草帘要经常调换覆盖面，不宜一直只用同一面覆盖，否则在草帘受潮后，孳生杂菌而传染蘑菇子实体，同时在草帘上喷洒50%多菌灵1000倍液等杀菌消毒；保湿用水要使用清洁井水或河水，不能使用污水；气温较高时，要加强通风换气，降低湿度；出现该病后，及时去掉病菇，并停止喷水，喷洒2%次氯酸钙或2%-5%甲醛或500倍多菌灵溶液。
6、锈斑病
蘑菇子实体上出现锈色斑点，或者为褐色斑点，与褐斑病不同的是不产生凹陷。
病原菌生活在土壤和不清洁水中。在高温、高湿条件下危害严重。
防治方法：所喷水要使用清洁井水或河水，不能使用污水，以免水中带菌传染；加强通风换气，降低温度和湿度，温度控制在20℃以内，湿度保持在85%-95%之间；出现病害后，摘除病菇，然后喷洒多菌灵等杀菌剂。
7、菌丝体徒长
双孢蘑菇的料床覆土后，菌丝沿着土粒不断向表层生长，形成一层浓密的菌丝层，结果造成出菇推迟或很少出菇，从而降低质量和产量。
发生原因：培养料腐熟过度，含氮量及含水量过高，容易引起气生型菌丝徒长。棚内通风不良，温度超过22℃，空气相对湿度太高等也易造成菌丝体徒长。
防治方法：调水不要过轻，细土喷水不要太急，要在早晚凉爽时喷水；要加强通风，控制菇棚内的温度；覆土层菌丝徒长较轻的，再覆一层薄土，较重的用刀子划破菌皮，挑掉菌块，补覆细土，喷重水，增大通风。
8、地雷菇
子实体在土壤中生长，受到土块的压抑，菌盖上有泥土，出菇凹凸不平，降低了蘑菇质量，并影响了下一批蘑菇。
料堆过厚，并且料中混有泥土，使幼菇在料深处形成。覆盖的土层过厚或者含水量低，抑制了菌丝向土层的生长，从而使幼菇在料内形成，出菇凹凸不平。菇层内空气湿度太低，出菇过早，结菇部位低。
防治方法：播种时，不能在培养料中混入土粒，以免在料层中土粒上结菇，造成结菇部位低，而无法长出土表；覆盖用土粒不宜过大，以免幼菇生长无法顶破土粒而在土块下面生长，覆土也不要过厚，以3.5-4cm为宜；诱导出菇须及时，在菌丝生长到距土壤表面1cm时，喷水诱导出菇；结菇部位低的菇要及时采收，以免长大后变成畸形，特别是在春季，易出现地雷菇。
