荸荠在生产上危害最严重的病害是荸荠秆枯病，属真菌性病害。多在高温季节发生，发病早、蔓延快、损失大。荸荠秆枯病综合防治方法如下：
发病症状：
植株首先在基部叶鞘上发病，产生暗绿色水渍状不规则形病斑，以后逐渐扩展至整个叶鞘，最后，病斑干燥变为灰白色，上生黑色小点或长短不定的黑色线条点，即为病菌的分生孢子盘。基部叶鞘上的病斑进一步向上扩展，使叶状茎发病。在湿度大时。起初病斑亦为暗绿色，水渍状，典型病斑为梭形，也有椭圆形或不规则形的。
病部组织变软凹陷，易倒伏。其上生黑色小点或黑色短条点，有时呈同心圆状排列；天气干燥时，初期病斑为淡褐色小斑点，病斑易失水干燥，中间灰白色，外围暗褐色。病斑可扩大相互联结成长条状枯黄色大斑，有时病斑上下的组织干枯形成区域较大的枯死斑。一般不生黑色线条点，重者可使茎秆枯死倒伏，呈暗黄色。
早晨露水未干或湿度大时，病斑表面可见大量浅灰色霉层，用放大镜观察时为无色或带白色的团，为病菌的分生孢子。叶状茎上的多数病斑常因雨水冲刷仅见黑色小点，很少或几乎检查不到分生孢子。花器感染后引起花序枯死，症状与叶状茎上相似。
防治措施：
以防为主的采取综合防治措施。
（1）选用抗病品种 根据接种试验和田间观察，荸荠品种间抗病性有一定差异，但无一表现高抗。
（2）种球处理 种球用25%多菌灵250倍液浸24小时后育苗。定植前再进行浸根处理16小时，可基本消除种苗带病传播。
（3）实行3年以上的轮作 栽植荸荠1茬后3年内轮作其他作物。
（4）注意灌水方式 最好划小块，围小埂灌溉，避免病菌随灌溉水传播。
（5）大田喷药保护 封行前密切注意病情动态，一经发现病秆立即喷药保护。常用的药剂有25%多菌灵250倍液，45%代森铵1000倍液，50%代森锰锌500倍液，50%退菌特500倍液。每5天喷1次，病情控制后可延至10天喷1次。最好使用2~3种药剂，交替喷雾。
