在当前高度关注果品安全的形势下，使用绿色安全有效的方法治疗腐烂病成为必然。预防为主，综合防治，防重于治，“打铁还得自身硬”。防治腐烂病的主要措施首先是加强果园管理，增强树势，提高树体自身的抗病性。在此基础上，应用绿色疗法进行治疗是上上之选。
一、外科手术
主要有重刮皮、病斑刮划等，其具有无公害、不污染环境、成本低的特点。重刮皮一般在5~7月，果树愈伤组织形成最快时重刮皮，方法是在树体主要发病部位进行全面刮皮，树皮外层刮去约1毫米左右，直到露出新鲜组织为止，刮面呈黄绿相嵌状。刮后，皮层内若有坏死斑点，应一律清除。病斑刮划是在发病部位病斑处，彻底刮除病斑，并应刮掉病斑边缘宽0.5厘米的健皮。或用利刀在腐烂病斑上划道，深达木质部表层，每道之间相距约0.5厘米。
二、涂抹保护
为铲除树体病菌，防止产生表层溃疡斑，以及防治晚秋出现新的坏死病疤，在刮治伤口处应涂抹药剂。伤口是苹果树腐烂病侵染发病的关键所在，伤口涂剂具有安全、低毒、良好的成膜性、耐水性和耐冻融性。用毛刷将配好的药液涂于病部，每周1次，涂3次。常用安全药剂有60％二氯异氰尿酸钠可溶性粉剂和1.8％辛菌胺醋酸盐水溶剂。
1.60％二氯异氰尿酸钠
60％二氯异氰尿酸钠是可溶性粉剂，一种重要的N-氧代酰亚胺类化合物，也是氯代异氰尿类中的主导产品，原药为白色粉末状或颗粒状，是氧化性杀菌剂中杀菌最广、高效、安全的消毒剂，可强力杀灭细菌芽孢、细菌繁殖体、真菌等各种致病性微生物，对肝炎病毒有特效杀灭作用，能快速杀灭并强力抑制循环水、冷却塔、水池等系统的蓝绿藻、铁细菌、真菌等，在农业生产中，对多种真菌、细菌等病害有特效，具有高效、低毒、低残留、低复发率、促进伤口愈合等5大优势，有效浓度为3～6克/升。60%二氯异氰尿酸钠在萌芽前或秋季落叶后，刮除病斑并涂抹，防治效果较好。
2.1.8％辛菌胺醋酸盐水剂
1.8％辛菌胺醋酸盐水剂是一种氨基酸类内吸性杀菌剂，具有高效、低毒、无残留等特点，并具较好的渗透性，对侵入树皮内的潜伏病菌有一定的铲除作用。山西农科院果树所李全等2012—2014年在新凉香苹果示范园试验，1.8％辛菌胺醋酸盐水剂、丙烯酸外墙涂料和108胶混合制成的树体涂剂，是成功防治苹果腐烂病的长效、低毒、低残留的杀菌涂剂，其防效达到65.4％。
3.糊泥法
把黄泥直接涂在病斑上，厚约1厘米，涂抹范围大于病部，用塑料袋包扎严实，两带之间重叠3～5厘米，2～3个月后解除。
三、树体喷施绿色药剂保护树体
苹果树腐烂病最佳防治时期为落叶后和发芽前，清园时喷1次25％丙环唑乳油1000倍液或腈菌唑乳油1000倍液或40％氟硅唑5000倍液，或用50%多菌灵可湿性粉剂100～200倍液、6~9月交替使用上述药剂对树体喷雾l～2次。在春季萌芽前、夏季和秋季落叶后对整株苹果喷施二氯异氰尿酸钠，喷雾的有效浓度为0.6~0.75克／升，或辛菌胺醋酸盐水剂266倍等。
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