1.加强苗木检疫：加强对调运苗木的检疫，禁止携带癌瘤苗木的调运。
2.加强栽培管理，解决土壤带菌问题：主要通过土壤处理和轮作。应选择无病土壤作苗 圃，有病土壤或果园不能作为育苗基地。碱性土壤的果园，应适当施用酸性肥料或增施有机 肥料，以改变土壤反应，不利病菌存活。
3.抗性品种的应用及改进嫁接方法：嫁接苗木宜采用芽接法，避免伤口接触土壤，减少 染病机会。工具在使用前须用75%酒精消毒，防止人为传播。
4.生物防治：使用放射土壤杆菌K84防治核果类果树根癌病；放射土壤杆菌HLB-2和MI-15 抑制葡萄根癌菌的生长和致瘤，防治效果良好。
5.保护伤口：根癌菌唯一的侵入途径就是植物的伤口，包括大的伤口和冻伤等微伤，因此保护伤口阻止病菌的侵入是直接有效的防病措施。利用播种、移栽和定植等机会对种子和 苗木使用抗根癌菌剂进行拌种和沾根，在种子和苗木接触土壤之前使菌剂附着在种子和苗木 的表面，可以有效地保护伤口。
6.切除癌瘤：在果树上发现癌瘤时，先用刀彻底切除癌瘤，然后用80%抗菌剂402的100-200倍液或40%福美砷50倍液涂刷切口，再外涂843康复剂或波尔多浆保护。效果较好的办法是 在切口处蘸浸抗根癌菌剂产品。切下的癌瘤应随即烧毁。病株周围的土壤可用抗菌剂402的2000倍液灌注杀菌。
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