柑橘黄龙病的防控涉及到传播媒介控制、健康种苗繁育、染病植株砍除等多个环节，必须用系统的方法来谋划，做到综合施策、标本兼治、持续治理。在防控路径上，重点在“苗、虫、铲、检”四个字上下功夫。
苗，就是推广健康种苗，从源头上控制黄龙病发生和传播；虫，就是防治传播媒介柑橘木虱，压低种群数量，降低黄龙病传播风险；铲，就是铲除染病植株，并进行无害化处理，减少田间传染源；检，就是强化检疫监管，切断病害人为传播途径，防止染疫种苗流入生产环节。
调查监测 在柑橘种植区，尤其是柑橘黄龙病发生区和扩散高风险区科学进行监测布局，在3～11月落实专人定期定点调查监测柑橘黄龙病和柑橘木虱发生情况，选择各新梢成熟期，特别是秋梢成熟后与果实转色期进行2～3次柑橘黄龙病发病情况调查，准确掌握发生动态。
检疫监管 严格审查柑橘类品种母本园、良种场和苗圃，按照《柑橘苗木产地检疫规程》的要求选择具备隔离条件的地块建立柑橘苗木基地，选择无病砧木和接穗培育健康苗木。
严格实行产地检疫和调运检疫。产地检疫发现疫情，就地对染病苗木进行拔除烧毁，该苗圃其他苗木不能调运销售；苗木调运检疫发现疫情的，应停止调运并销毁该批苗木。
封锁疫情发生区苗木，限制发生区内种苗和接穗等流入无病区。发现非法调运的依法扣留，及时销毁。
挖除病株 调查中确认的病株，应先施药防治柑橘木虱，然后立即挖除，挖除的病株一律集中销毁。对失管果园和房前屋后的病株，引导果农自觉挖除病树，确保防控不留死角。
病株应连根全株挖除；如不能及时连根挖除，可整株砍除，但所剩病株高度不得高于10cm，且在茎干切面涂上除草剂或煤油、沥青、柴油，盖上黑膜，加速其外皮层腐烂，防止次年抽生新梢，招引柑橘木虱为害和传病。
木虱防治
1、化学防治：冬季清园时，应全园施药防治1～2次；在春夏秋三梢新叶始见时，所有果园（含失管橘园和房前屋后的果树）应及时施药防治。施药时，连同果园周围的芸香科植物一起喷洒。为保证防治效果，应建立跨区域的防控协调机制，推进专业化统防统治，把握防治时期，统一开展化学防治，确保不留死角。
防治药剂可选择喹硫磷、啶虫·毒死蜱、联苯菊酯、高效氟氯氰菊酯、噻虫嗪、高氯·毒死蜱等。喷洒用药量和安全间隔期等，要视具体的药剂产品上的使用说明而定。
2、物理防治：可在果园内悬挂黄板，监测柑橘木虱发生动态的同时诱杀柑橘木虱，降低田间虫口密度。
农业措施
1、建立健康果园。选择隔离条件好、远离病果园200米以上区域建园，清除果园周围的枳壳、九里香、金柑（弹）、金豆、黄皮等芸香科植物，果园及附近禁止种植两面针、吴茱萸等中药材植株。
2、选用无病苗木。选用按《柑橘苗木产地检疫规程》生产繁育的健康苗木。
3、加强三梢管理。结合当地生产实际，结果树的夏梢全部抹除，统一放秋梢，促使新梢抽发整齐一致，缩短嫩梢期，改变柑橘木虱繁殖生长环境，压低柑橘木虱虫口数量。
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