菌核病则多在植株下部老叶、落花上发生，后向叶柄、果实扩展，染病瓜脐部呈现水渍状软腐，造成整个果实腐烂。腐烂部表面长满棉絮状白色菌丝体，后期产生黑色、鼠粪状菌核。甜瓜感染细菌果斑病时叶片症状为圆形至多角形病斑，边缘初呈V字形水渍状，后中间变薄，病斑干枯。严重时病斑融合，颜色加深呈黑褐色。果皮朝上的表皮呈现水渍状小斑点，变褐色，凹陷，后多龟裂。发病中后期，病菌单独或随同腐生菌向果肉扩展。使其变成水渍状腐烂。
蔓枯病在甜瓜上的表现症状为茎蔓出现退色油渍状斑，呈棱梭形，分泌琥珀色流胶，干后呈红褐色，表面散生黑色小点。果实病斑呈点状或条状果实心腐。
针对病因，农药防治措施如下：
（一）选用抗病品种。如哈密瓜、网纹、莎白等品种抗病性强。
（二）种子、棚室消毒。50℃温水浸种20分钟，捞出晾干或3%盐酸处理种子15分钟，水洗后用47%春。王铜可湿性粉剂600倍液浸种8小时，冲洗后催芽，可以预防细菌果斑病。50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种15分钟可预防炭疽病。瓜苗定植前封棚消毒，每立方米用40%福尔马林10ml加高锰酸钾4g进行消毒，预防蔓枯病。
（三）合理使用农药来防治。农药生产厂家建议使用25%溴菌腈500倍液，咪鲜胺1000倍液每7-10天一次，连喷2-3次，可防治炭疽病。加瑞农700倍液，77%可杀得800倍液，72%农用链霉素3000倍液可防治甜瓜果斑病。40%多菌灵可湿性粉剂600倍液或25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液喷施防治蔓枯病，严重时用面粉20g，多菌灵10g调成糊状，涂抹伤口。
此外，种植史较长的拱棚，可以在休闲期施入有益菌采用以菌抑菌的方法，施入有益菌占居棚内土壤空间，不仅有益于作物生长还能减轻病害的发生程度。或者进行土壤熏蒸消毒，夏季结合高温闷棚进行效果较好，如用溴甲烷等结合干湿法高温闷棚。
不同棚室的发病状况不一，需要对症下药采取相应的防治措施。生物农药专家提醒瓜农朋友辨清自己棚室的发病情况，选用合适的措施以及农药来减轻病害的影响。
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