西瓜黑腐病的发生与环境及果农的栽培管理有密切的关系。病毒潜伏期会随着温度升高而缩短，空气湿度的增加则较容易发病，比如多雨的季节，发病特别快，瓜农种植的时候瓜类作物连作，栽培密度小，通风不畅，田地积水，缺肥等都会诱发此病。
瓜类连作会造成病害的连续和交叉感染，所以要尽量扩大大蒜、大葱、辣椒、西瓜套作面积，或者利用葫芦嫁接，根据本地土质、降水、气候等实际情况选用抗病品种和土壤药物处理等技术，并加强田间管理，施足基肥，结瓜期适当追肥，气象条件也是西瓜黑腐病发生的重要条件，在栽培上，要尽量避开高温、阴天多雨等不利天气影响，可选用遮阳网防高温、高垄栽培防土传病害、通畅排水防大雨等办法，防止病害的传播和危害。秋西瓜生长中后期处于高温、高湿的生态环境条件下，最容易发生黑腐病，所以要严加注意。
总之防治西瓜黑腐病，平时应注意棚内通风降温，经常喷施杀菌剂防止发病。发病初期可选用20%丙硫多菌灵2000倍液，均匀喷雾，每7～10天喷1次，连续喷2～3次。或用57%氢氧化铜可湿性粉剂1600倍液，每隔5~7天喷一次，发病轻的一次即可，发病重的可喷2~3次。
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