胞囊线虫侵入小麦根系后，会抑制根尖生长，导致多重分枝和根肿胀（根结），增加次生根量，缩小根系范围。病株地上部呈现缺肥状，矮化、叶黄苗弱，直至枯死。轻病株常提前抽穗。5月上中旬病株根部出现柠檬形附着胞囊，开始以白色发亮态存在，成熟时变成褐色。麦收后根部的胞囊大量脱落，在土壤中越夏或越冬。胞囊中的卵可存活数年。
10月底11月初胞囊内的卵进入第一个孵化高峰，之后以2龄幼虫侵入小麦根系取食，气温下降后停止活动，次年2月中旬气温回升后恢复活动，幼虫发育速度明显加快，同时胞囊内的卵也迎来第二个孵化高峰。小麦抽穗灌浆期柠檬形雌成虫和线形雄成虫交配产卵，雌虫躯体急剧膨大，撑破根表皮外露，此后随着小麦根系的黄枯，胞囊变褐老熟，内含大量卵。
该病的主要传播媒介是土壤，近距离传播依靠农机具、农事操作、风雨等，远距离传播途径为地面径流、跨区联合收割机作业等。小麦苗期天气凉爽、土壤湿润，有利于线虫侵入。沙土地或沙壤土地发病重，黏重土壤发生较轻。土壤肥力差发病重。
有研究表明，选用抗耐病品种是防控小麦胞囊线虫病最经济有效的措施，但目前我国种植的绝大多数小麦品种对小麦胞囊线虫病不同程度感病，未发现有免疫品种。发病严重的田块，用5%涕灭威颗粒剂等杀线虫剂进行土壤处理，能在一定程度上减轻危害，减少产量损失。
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