棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、猝倒病等，虫害主要有小地老虎、苗蚜等；杂草主要有牛筋草、马唐、狗尾草、打碗花、狗牙根、香附子等。棉花播期病虫草害须综合防治，具体介绍如下：
一、农业防治
1.选用优良品种：多年连续种植的棉田选用抗黄枯萎病较好的品种。为了减轻苗期病虫发生，应选用包衣种子。
2.适时播种：当5厘米地温稳定在14℃播种为宜，播深在4~5厘米。一般每亩播种2~2.5公斤种子，行距60~70厘米，株距25厘米，每亩定植苗2500株。
3.合理施肥：提倡使用腐熟的有机肥作底肥。播前要施足底肥，增施有机肥和钾肥。一般亩施有机肥2000~2500公斤、二铵20公斤、钾肥15公斤。
4.苗期管理：棉花出苗后，应及时进行中耕松土；做好打孔炼苗，防治烧苗和低温冻害。
二、化学防治
1.科学除草：每亩可选用72%异丙甲草胺或96%精异丙甲草胺150~200毫升/亩，兑水30~40公斤，均匀喷洒地面，3~5天后播种。
2.药剂拌种：每亩用60%吡虫啉悬浮种衣剂10毫升拌棉种10公斤，其中加入20~30毫升水，搅拌均匀后再进行拌种。或者选用包衣种子，降低棉花苗期病虫发生。
3.防治病虫：棉花苗蚜在3片真叶前，当有蚜株率达40%，受害卷叶率达5%~10%或百株蚜量达1000~1500头时，选用10%吡虫啉1500倍液或5%啶虫脒2000倍液进行喷雾防治。小地老虎危害较重的棉田可用20％氰戊菊酯2500倍液。
棉花苗期病害主要以立枯病、炭疽病为主，在苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉花苗病多发的重要原因。
棉花出土后可用50%多菌灵胶悬剂600倍液灌根防治根病；齐苗和初放真叶时，用80%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液或12%烯唑醇1000倍液喷雾防治苗病，7天后可再喷一次。
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