向日葵病虫害发生率较低，主要病害为白粉病、黑斑病、细菌性叶斑病、锈病（盛行于高湿期）和茎腐病。
白粉病发病时叶片开始生白色圆形粉状斑，扩大后连成一片，以后白粉层上又生褐色小点，植株生长停止。
黑斑病发病时，叶片生大小不一的深褐色或浅黄色病斑，后发展成褐色斑，病斑相连成大斑块，使叶片变黑枯死。可以通过对基质的消毒、合理浇水、增加空气流通、间歇喷洒保护性杀菌剂等方法进行预防。感病后，清除病叶和残株，集中烧毁；在发病初期，可用50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液喷洒或用等量式波尔多液防治。
危害向日葵的害虫有蚜虫、盲蝽、红蜘蛛和金龟子等。
可用40%氧化乐果乳油1000倍液、73%克螨特乳油1500倍液进行喷雾防治喷杀。
向日葵螟
向日葵螟主要为害向日葵和野生菊料植物的花盘和种子，l～2龄幼虫啃食筒状花，3龄后沿着葵花子实的排列缝隙蛀食种子，将种仁局部或全部吃掉，形成空壳或深蛀花盅，把化盘咬成很多隧道。幼虫为害时，在花盘子实上吐丝结网粘连虫粪及碎屑，状如丝毡，据此可识别葵螟为害。被害花盘遇雨后多腐烂发霉，严重降低产量和品质。第一代幼虫经19～22天老熟，从8月下旬开始大部分幼虫吐丝脱盘潜土做茧越冬，少数幼虫在8月末9月初化蛹，羽化为成虫，在晚开的葵花盘和分枝花上可见到第二代卵和幼虫，但不能越冬，相继死亡。
防治方法
（1）秋翻冬灌 可将大批越冬茧翻压入土，减少越冬虫量。
（2）选用抗虫品种 硬壳层形成块的品种受害轻或不受害，油用种（小粒）较食用种（大粒）受害轻。
（3）化学防治 在为害不大的地区可在幼虫期（8月上旬左右）喷90%敌百虫500～1000倍液于花盘上即可。为害较重地区应以防治成虫为主，结合防治幼虫。在7月末8月初成虫盛发期，施放敌敌畏烟剂或用敌敌畏高梁杆熏蒸（80%敌敌畏乳油浸高梁杆后插入田间），隔3-5天（根据虫量）再施放--次。幼虫盛期（8月上、中旬）喷90%敌百虫500～1000倍液一次。
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