棉花花腐病又名褐腐病，其病原为Cotton Choanephora rot。此病原 病菌孢囊梗不分枝，通常顶端膨大成头状体，上有小梗;小型孢子囊(分生孢子)生于小梗顶端，椭圆形或纺锤形，表面有纹饰，每个孢子囊只形成一个孢子，因此称为分生孢子;条件不适宜时形成大型孢子囊，产生于顶端弯曲的孢囊梗上，圆形，有球形囊轴，孢子囊内产生多数孢囊孢子。孢子圆形或三角形，顶端有数根细毛，表面光滑。 具体情况如下：
棉花花腐病在多湿条件下花蕾受害重。主要侵害花部，也能为害幼铃。棉花花腐病的症状表现为病部水渍状，褐色，软腐，上面覆盖一层白色绒毛，以后真菌呈放射状生长，绒毛顶端具小黑点，为病菌的孢子囊。
棉花花腐病在的病原危害的对象还有南瓜、红麻、辣椒、豇豆等多种植物，此病原主要分布在江苏、吉林等省，病菌以菌丝体在病残体及土壤内越冬。对于棉花花腐病的防治方法如下：
1.种植抗病品种。
2.及时清除病残体。
3. 药剂防治。
