引起棉花黑根腐病的病菌为Thielarviopsis basicola。此病是棉花苗期发生的病害之一。具体情况如下：
此病在棉花苗期、成株期均可发病，具体棉花黑根腐病的症状表现为苗期染病根系表皮、皮层受侵染后变褐，常延至下胚轴，根茎部肿胀，茎秆弯曲，植株矮小，茎部的病斑扩展后致表皮开裂，现长条形或梭形浅绿色病斑，后变成暗紫色至棉花黑根腐病病株黑色，病株很易拔出，但维管束不变色。成株染病顶叶下垂，叶色淡，叶凋萎但不脱落，根茎基部膨大，根茎腐烂，茎秆弯曲，中柱变为褐色至黑紫色，结铃少或不结铃。有的突然失水萎蔫。最后植株干枯死亡。
传播途径和发病条件
病菌厚垣孢子平时在土壤中腐生或在病残体上存活越冬，经-6～15℃冷冻后才能萌发。翌春土温16～20℃，根系生长不快，抗性也弱，利于该菌侵入。病菌孢子萌发后，芽管伸长，产生附着胞，从棉株根毛表皮层侵入，以菌丝体在皮层内扩展，同时吸取营养，但不进入导管。后期菌丝体又形成分生孢子、厚垣孢子进行再侵染，落入土中的又营腐生生活，成为下一年该病初侵染源。厚垣孢子在土中能长期存活，内生分生孢子在8～33℃下能生长，适温为25～28℃，土壤湿度为50%～70%。
对于棉花黑根腐病的防治可参考以下措施。
(1)选用抗病品种如辽棉7号、辽棉10号、晋棉21号等。精耕细作，收获后及时清除病残体，播前灌冬水，早春忌大水漫灌，防止土温降低，创造利于根系发育的条件。
(2)提倡采用地膜覆盖，可提高地温，减少发病。
(3)精选种子，对棉种要进行消毒，方法参见棉轮纹病。
(4)实行轮作，采用小麦、玉米、水稻等禾本科作物与棉花轮作。
(5)采用无菌营养钵育苗，可减少苗期侵染。
