棉花苗期多见的病虫害主要有根腐病、茎腐病、瘁倒病等。
根腐病是由根部腐烂、吸收水分和养分功能减弱，最终造成整棵植株死亡，主要表现有整株叶片发黄、枯萎。
棉花根腐病的防治可以对面床土壤消毒，用甲霜恶霉灵进行防治。
茎腐病是由真菌引起的主要危害茎基部或地下主侧根，病部开始为暗褐色，以后绕茎基部扩展一周，使皮层腐烂，地上部叶片变黄、萎蔫，后期整株枯死，病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。
棉花茎腐病的防治一般选用多菌灵可湿性粉剂1000倍液喷施，可连喷2-3次能彻底杜绝病害的侵染。棉花苗期猝倒病是由于小苗密度过大徒长造成的，利用通风、间苗即可有效防止。
棉花苗期病虫害防治工作非常之重要，棉花苗期病虫害工作做的好与坏直接影响棉花后期的生长。
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