试验结果表明，苗床烟草带毒率与大田病毒病发生呈正相关关系，烟苗带毒率越高，大田发病越重。所以应当引起足够的重视。这两种病毒不论是单独侵染还是混合侵染，其显著的症状都是植株矮缩、叶色浓淡不均和畸形，烟农俗称“花叶病”。
在烤烟漂浮育苗过程中，由于高温、高湿环境和烟苗集中度高等因素，烟草病害的发生流行与常规大田病害的发生流行（病害流行为“S”型曲线）有较大区别，常常呈直线型暴发式流行，其传播速度快，后果是毁灭性的。
因而，在漂浮育苗过程中，应切实加强育苗场地、漂浮盘、装盘和播种场地、剪叶工具和工作人员的消毒工作。在育苗过程中，要搞好病害防治工作，应贯彻落实“预防为主，综合防治”的植保方针。
从病原入手，切断传染源，辅以药剂防治才能防止烟草苗期病害的大发生。因此在烤烟育苗期应注意以下几个方面：
苗床地选择
育苗场应选择地势开阔平坦、背风向阳、有洁净水源、远离村庄和烤房、空气无污染、无大量扬尘的地方。避免在种植过马铃薯、番茄等茄科及十字花科作物的土地上搭棚育苗。
消毒
1、育苗盘消毒
新盘可不必消毒，使用旧的育苗盘必须消毒。一般采用0.1%～0.5%的高锰酸钾溶液浸泡旧盘，第二天用清水洗净后即可使用。也可以选择其他的消毒试剂如漂白粉、次氯酸钠等均可以用来消毒。无论采用何种试剂及何种方式消毒，必须处理到育苗盘的正反面，不留消毒死角。
2、育苗水消毒
育苗用水应使用清洁水源，自来水和无污染的山泉水可直接使用；河水、靠近村子的井水和蓄水池的水必须经过消毒后再使用。育苗池水消毒效果较好的是漂白粉，用量为30%漂白粉20克混合均匀进行处理。
漂浮育苗用水最好在使用前消毒，在播种前才施入漂白粉对出苗和烟苗生长有一定的影响。
3、剪叶消毒
剪叶人员在进入苗棚前需用肥皂水洗手消毒。每次剪叶前需对烟苗施用抗病毒药剂进行预防，剪叶器具用洗衣粉、肥皂液或病毒抑制剂进行消毒，时间在5分钟以上。
采用剪刀或弹力剪叶器剪叶时，每剪1盘苗，必须进行一次消毒；采用电动剪叶器剪叶，则每剪10盘苗或一池烟苗进行一次消毒处理，有发病史的育苗棚要提高消毒频率。
修剪下来的烟叶应及时清理出棚外集中掩埋，或放入卫生坑，在卫生坑内撒石灰或消毒液消毒处理，同时应把落在苗盘上的叶片清理干净，保持盘面整洁卫生。尽量将病害的传播控制在最低限度。育苗场地隔离防护
育苗场地最好集中便于管理。场地周围修筑栅栏防止家畜毁棚踏苗传播病害。场地要专人管理，闲杂人等不得随意进入育苗场地。管理人员在管理中严禁吸烟。同时在入口处建一消毒池，并摆放清水和肥皂，凡进入育苗场地的人员，均须脚踩消毒水和洗手消毒后方可进入。
4、药剂防治
对于病毒病应该以防为主，在病毒侵入烟苗前喷施保护性药剂。当育苗棚中发现病株时应及时拔除病苗带出棚外并再喷施药剂加强保护（如波尔多液）。
对真菌类病害在喷施保护性药剂后发现病株的可再喷施治疗性药剂防止病害扩散蔓延。要注意掌握正确的施药时间和施药方法，做到早施药早防治，同时注意药剂的合理混配，增强药效，降低残留。
